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[疑问] 德国不流行做计算机辅助药物设计吗?

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发表于 2014-9-10 14:48:47 | 显示全部楼层 |阅读模式

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http://www.doktorandenboerse.info/suchen/index.php这个页面是朋友给的,让我帮着参考一下专业。由于朋友是学药理学,所以我就在Medizin(药学),Biology(生物学)里,看完了那几百个链接。因为自己是做计算机辅助药物设计的,也顺便看了看mathmatik/informatik下的专业,处于好奇还扫了一眼pharmazie下的专业。
然后就杯具了。
我从里面基本就没找到做计算机辅助药物设计的啊。里面凡是涉及到生物信息学的,基本都是搞数学建模来分析细胞信号通路的。
我因为这个郁闷了好几天,就奇了怪了,我记得计算机辅助药物设计在国外好像挺热的啊,怎么德国没有啊,难道严谨认真的德国人不认这个?

发表于 2014-9-15 00:05:04 | 显示全部楼层
计算机辅助药物设计的确现在发展的很缓慢,到了一个瓶颈期,突破很难,因为药物发现的成功率本来就很低(相当的低),现有计算的准确度还难以很好的处理这个问题。打个比方说,药物发现原本是大海捞针,计算机辅助筛选是湖里捞针,作用是显著的,但是远远不够。相对而言,现有的计算水平可以比较好的处理生物学中的其它一些问题,如计算生物学、统计生物学。当然了,用计算的方法辅助优化已知有活性的化合物结构是通行的办法,也很成功。不过呢,结构优化对于有经验的药物化学家来说大部分时候不做计算也可以。此外,获得一个全新的、有活性的结构也是可遇不可求的事情。

计算机辅助药物设计很多组都会做一些,不过持续性的工作比较少。一方面是因为难度大,另外一方面也不容易发文章。JCIM以及JCTC上面关于CADD炒概念灌水的文章也很多,比较的无聊。无聊之处在于,大家都说自己开发的方法可好了,可就是光打雷不下雨,等个好几年,发现这些作者都只不停的灌水,很少用他们开发的方法真正做出好的化合物出来。

做药物化学合成的人学学基于结构的药物优化方法还是有所帮助的。学弟学妹要是打算从事纯计算辅助药物设计,这个要谨慎。


发表于 2014-9-14 20:44:09 | 显示全部楼层
全世界做CADD的也就那么几个组,因为这个领域一直没啥进展,所以申请基金也越来越难,德国(和其他德语区,瑞士及奥地利)还是有几个做的很好的组:

Jürgen Bajorath (Universität Bonn),从BMS回到学术界,现在为JCIM主编,JMC副主编
Matthias Rarey (Universität Hamburg),BioSolveIT的创始人之一,发展了无数软件方法,如FlexX
Gerhard Klebe (Philipps-Universität Marburg),德国CADD的元老之一,发展了Relibase,DrugScore等著名软件,研究涉足CADD所有领域。
Gisbert Schneider (ETH Zurich),这个也很有名,开发了很多重头设计和虚拟筛选软件
Amedeo Caflisch (Universität Zurich),论坛里大名鼎鼎firefly的老板
Gerhard Wolber (Freie Universität Berlin),开发了基于受体的药效团软件LigandScout,这软件界面不错。
Hugo Kubinyi (BASF AG),这个一般做CADD的都知道,BASF的CADD部门的头,很大年纪的大叔了,作为主编参加了无数药物化学丛书的编写。
Johann Gasteiger (Universität Erlangen-Nürnberg),Chemoinformatics的先驱之一,Gastager电荷计算方法的发明人,Corina的开发者,现在好像退了。

还有很多,不列举了。
 楼主| 发表于 2014-9-15 10:37:39 | 显示全部楼层
xxffliu 发表于 2014-9-14 20:44
全世界做CADD的也就那么几个组,因为这个领域一直没啥进展,所以申请基金也越来越难,德国(和其他德语区, ...

您列举的这些已经很丰富了。知道这么多,实在是太厉害了!不过我看了一下,里面好像大多都是做CADD类软件开发的。应用CADD方法预测——生物实验验证,用这个流程进行新药开发的实验室,好像也没找到,仿佛国外的生物实验室从来借助CADD进行药物开发一样。与之相反,我在看很多CADD教材的时候,最后一章都是讲解药物开发实例,有很多CADD设计药物的例子。
 楼主| 发表于 2014-9-15 10:39:03 | 显示全部楼层
xxffliu 发表于 2014-9-14 20:44
全世界做CADD的也就那么几个组,因为这个领域一直没啥进展,所以申请基金也越来越难,德国(和其他德语区, ...

刚才回复少打了一个“不”字。给我感觉好像国外做CADD的,都是偏重于软件开发,反而没有几个实验室真的借助CADD方法研发药物一样。
 楼主| 发表于 2014-9-15 10:50:53 | 显示全部楼层
fireflying 发表于 2014-9-15 00:05
计算机辅助药物设计的确现在发展的很缓慢,到了一个瓶颈期,突破很难,因为药物发现的成功率本来就很低(相 ...

CADD筛药相对于盲筛,已经可以节约很多成本和时间了。
我本科学生物,很多过程和知识只能背下来,没有原理和推导,完全不是学习理科的感觉,所以研究生的时候选择了生物信息学,以为能用交叉学科的优势探究生物里面的规律和原理啥的,本科那时候就是太天真啊。

研究生所在的实验室做药物研发,有生物信息组和实验组。我被分配到生物信息组CADD方向上,很喜欢这个方向,一直在认真探索这一行。
如今发现这个好像没有什么出路,就跑来论坛里打听,看目前的情况,我可能得考虑转方向了。转进实验组,进行生物实验方面的训练吧。
发表于 2014-9-16 03:47:25 | 显示全部楼层
fanc232 发表于 2014-9-15 10:39
刚才回复少打了一个“不”字。给我感觉好像国外做CADD的,都是偏重于软件开发,反而没有几个实验室真的借 ...

真的做实验是需要烧钱的……有些人只开发方法,与做实验的组合作进行验证;有的人钱比较多,在开发软件的同时也养着一帮做合成和生物的人进行验证。至于做药,CADD是整个药物研发领域中的重要技术,但不是关键技术,你不能指望仅靠CADD就搞个药出来,正如fireflying所说,能帮你缩小候选范围,少走点弯路,省点无关紧要的小钱,CADD只能帮你到这了。
发表于 2014-9-16 03:51:08 | 显示全部楼层
fanc232 发表于 2014-9-15 10:50
CADD筛药相对于盲筛,已经可以节约很多成本和时间了。
我本科学生物,很多过程和知识只能背下来,没有原 ...

这个领域坑基本已占满,如果你不是天才能够搞出创新性突破,要么跟着大流用老掉牙的技术炒概念,要么做点修修补补的工作灌灌水,要么跟做实验的人合作整天哄着他们验证你的设计和想法,要么能骗来钱雇几个做实验人的给你打工,要么,呵呵,如你的选择,转行做实验,命运掌握自己手中,做不出来还可以怪计算设计的东西不准
 楼主| 发表于 2014-9-16 08:52:43 | 显示全部楼层
xxffliu 发表于 2014-9-16 03:51
这个领域坑基本已占满,如果你不是天才能够搞出创新性突破,要么跟着大流用老掉牙的技术炒概念,要么做点 ...

看到第一句话我不禁想起以前看过的一段话:数学是火,点燃物理的灯;物理是灯,照亮化学的路;化学是路,通往生物的坑;生物是坑,埋葬学理的人。现在连埋都埋不下了。
发表于 2014-9-16 16:54:45 | 显示全部楼层
fanc232 发表于 2014-9-16 08:52
看到第一句话我不禁想起以前看过的一段话:数学是火,点燃物理的灯;物理是灯,照亮化学的路;化学是路, ...

先人有谚云:哪家黄土不埋人呢
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