ligplus的安装与使用（显示配体-受体2维相互作用图）

暗地纯白 · 发表于 2014-2-25 10:30:53

大工-阿里巴巴发表于 2014-2-24 17:18

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对的，果断用别的软件另存一下，再载入ligplus

我用DS另存为pdb之后再载入ligplus，还是显示没有配体，我对比DS前，发现在pdb文件的后面多了N1+、H、C、O等一列，可是载入还是显示没有配体，跟pdb数据库里下载的蛋白对比，pdb里面有H、L链等，可是我合成的这个复合物没有H、L链。自己添加上去，DS打开就是乱七八糟的结构。该如何才能让其在ligplus上显示（据说ligplus是用于蛋白跟小分子，而我的蛋白-蛋白似乎不能用，是这样吗？）

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-2-24 17:18:45

暗地纯白发表于 2014-2-24 15:35

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我是通过hex protein docking得到的复合物pdb结构，打开它如下图
合成的这个复合物居然没有显示出A链、H ...

对的，果断用别的软件另存一下，再载入ligplus

暗地纯白 · 发表于 2014-2-24 15:35:41

大工-阿里巴巴发表于 2014-2-24 13:34

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估计是PDB结构本身的问题，可以尝试用商业软件，比如DS，schrodinger, MVD等等载入对接完成后的结构，再 ...

我是通过hex protein docking得到的复合物pdb结构，打开它如下图
合成的这个复合物居然没有显示出A链、H链等等。

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-2-24 13:34:29

暗地纯白发表于 2014-2-24 10:36

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我用TER分开之后打开还是提示没有对接的配体，求解？

估计是PDB结构本身的问题，可以尝试用商业软件，比如DS，schrodinger, MVD等等载入对接完成后的结构，再输出PDB试试

暗地纯白 · 发表于 2014-2-24 10:36:29

墨竹晓风发表于 2012-11-4 23:46

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检查PDB文件，首先受体和配体用TER隔开，其次配体的名称不能与残基名称相同 ...

我用TER分开之后打开还是提示没有对接的配体，求解？

墨竹晓风 · 发表于 2013-12-27 10:34:52

qian430 发表于 2013-12-26 17:05

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墨，我把pdb导入ligplus后，自动就给出一些关键残基，但是和我能量分解得到的关键残基不一样，少了几个。怎 ...

这个我也没有试过呢，等我研究下哈

jianchen7882 · 发表于 2013-8-23 17:25:48

大工-阿里巴巴发表于 2012-11-4 18:30

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把TMP文件夹的设置改在非C盘所在的地方即可！

我用autodock对接之后生成了一个pdb文件，再怎么跟原来受体的pdb文件合成一个pdb文件，一方便用这个软件查看呀？谢谢

tanxijuan · 发表于 2013-4-18 08:27:54

autodock 4.2, 对接后把它们保存成pdbqt格式，然后借助openbabel转成pdb形式，因为一些简单分子这样是可以用ligplus显示的，环多一点就不行了，所以请教一下，该怎么处理呢？

墨竹晓风 · 发表于 2013-4-16 08:54:19

tanxijuan 发表于 2013-4-16 08:20

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越用越觉得里面有很多问题了，不知道你们对于多环的ligand对接得到的pdb是怎么前处理，ligplus就是无法创建 ...

估计是原子style的问题。你用的是什么对接软件？对接之后是怎么处理的？

tanxijuan · 发表于 2013-4-16 08:20:26

越用越觉得里面有很多问题了，不知道你们对于多环的ligand对接得到的pdb是怎么前处理，ligplus就是无法创建logfile，针对同样配体在PDB数据库下载蛋白后，发现该配体可以顺利显示，所以不知道自己对接的结果出了什么问题？求赐教

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