再谈氨基酸数值着色

eming

网上有vmd进行原子数值着色方法的教程，格式要求较为严格，譬如，原子序号与数值全部对应，数值只能是一列数据。其实，可以不必要求这么严格的格式，只要有原子与数值对应关系即可。这里采用数值替换氨基酸的B-factor数据的例子，然后在chimera中采用render by attribute显示。
该例子中氨基酸的数值是用生物信息学方法计算得到的保守打分，采用的是SCA5（statistics coupling analysis）算法得到。计算结果由Matlab导出，最终转到文本可编辑的数据，数据格式是
序列号 TAB 数值
例如：
1  0.58
2  0.34
...
采用bash脚本处理
[code=Bash width=600px]
#!/bin/bash
#usage: chBfactor.sh cons_score.file pdb.file > new_pdb.file

#reading conservation from file
declare -A cons_score_data
while read residue cons_score; do
   cons_score_data[$residue]=$cons_score
done < $1

#reading pdb file
cat $2 | grep '^ATOM' > tmp.pdb
while read LINE; do
   res_number=${LINE:22:4}
   echo "${LINE:0:60}" ${cons_score_data[`echo $res_number`]}"${LINE:67:13}"
done < tmp.pdb

rm tmp.pdb
[/code]

pymol中也是可以替换b factor来数值着色，可是同样在pymol中替换b factor也需要经过处理。该脚本简单易用，输出的new_pdb.file可以在pymol, chimera, vmd等各个软件中重新着色。