gromacs在em的时候遇到问题，求解决

临江仙 · 发表于 2013-11-17 21:42:35

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本帖最后由临江仙于 2013-11-17 21:44 编辑

Program mdrun, VERSION 4.6.3
Source code file: /home/zhanglaoshi/gromacs-4.6.3/src/mdlib/pme.c, line: 828

Fatal error:
2964 particles communicated to PME node 4 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

在mdrun -v -deffnm em时，便出现以上错误；经过em.mdp步长的调整，还是出现相同错误；而且检查了下发现文件也没啥错误。后来索性下载教程的蛋白来进行学习，完全按照教程走，一到em的时候亦出现相同问题，有点不知所措哈，求各位师兄师姐帮忙解决。

leos · 发表于 2013-11-18 06:56:57

有挺多原因的，你换node试试，如果还不行，有可能是你的系统没有平衡，或者是你的top文件有问题了

leos · 发表于 2013-11-18 06:57:32

http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Blowing_Up
你可以参见这个网页，上面写的很详细

临江仙 · 发表于 2013-11-18 09:15:39

leos 发表于 2013-11-18 06:57

登录/注册后可看大图

http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Blowing_Up
你可以参见这个网页，上面写的很详细 ...

leos师兄，top文件让阿里师兄看过了，木有问题的，那我在试试其他办法看看，谢谢师兄哈

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