Gromacs配体问题

旭日希望

Hi, everyone:
>>      I am a new user of Gromacs, and I am running through the tutorial.
>> When I am trying to run the ligand-receptor binding tutorial from
>>
>> http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... ex/02_topology.html
>>     I met some trouble in adding ion.
>>     Each time when I use genion, it shows:
>>
>> Will try to add 0 NA ions and 6 CL ions.
>> Select a continuous group of solvent molecules
>> Group     0 (         System) has 33046 elements
>> Group     1 (        Protein) has  1693 elements
>> Group     2 (      Protein-H) has  1301 elements
>> Group     3 (        C-alpha) has   163 elements
>> Group     4 (       Backbone) has   489 elements
>> Group     5 (      MainChain) has   653 elements
>> Group     6 (   MainChain+Cb) has   805 elements
>> Group     7 (    MainChain+H) has   815 elements
>> Group     8 (      SideChain) has   878 elements
>> Group     9 (    SideChain-H) has   648 elements
>> Group    10 (    Prot-Masses) has  1693 elements
>> Group    11 (    non-Protein) has 31353 elements
>> Group    12 (          Other) has    15 elements
>> Group    13 (            JZ4) has    15 elements
>> Group    14 (          Water) has 31338 elements
>> Group    15 (            SOL) has 31338 elements
>> Group    16 (      non-Water) has  1708 elements
>> Select a group: 15
>> Selected 15: 'SOL'
>> Number of (3-atomic) solvent molecules: 10446
>>
>> Processing topology
>>
>> Back Off! I just backed up temp.top to ./#temp.top.3#
>>
>> -------------------------------------------------------
>> Program genion_d, VERSION 4.5.4
>> Source code file: gmx_genion.c, line: 285
>>
>> Fatal error:
>>No line with moleculetype 'SOL' found the [ molecules ] section of file
>> 'topol.top'

who can tell me the reason?ge wei gaoshou bang bang mang ba!

枫叶苏

好像说的很清楚了，top文件里没有溶剂，你在按着教程重新来一遍吧。。。

kkshaxqd

在top文件中添加上电荷，阳离子NA，阴离子CL，注意添加了后要减去相应溶剂数，要改top文件，或者直接用-p XXX.top M命令添加也行。

dmarkfree

我想我知道是什么原因了，应该是top文件中SOL那一行没有单独出来，如图，只要回车下一行就可以啦

wx_HeEE9U9E

dmarkfree 发表于 2013-10-31 10:06
我想我知道是什么原因了，应该是top文件中SOL那一行没有单独出来，如图，只要回车下一行就可以啦 ...

你好，我回车到下一行也没有用啊
还有别的解决方法吗