vina 的pdbqt结果转成pdb格式

数据挖掘

背景：
之前有讲过可以通过pymol统计氢键的信息，
由于pymol对pdbqt的支持不好
ADT中的脚本pdbqt_to_pdb.py
只能实现pdbqts_to_pdb的功能
所以我写了个shell脚本，实现pdbqts_to_pdbs功能，用这个脚本前必须配置一些环境变量。
======================================pdbqts_to_pdbs.sh
#!/bin/sh

#Function : convert the pdbqt format of  ligand database to pdb format
#author: Chen Zhaoqiang
#email: 744891290@qq.com
#date:2013.10.09
#required:vina_split in vina  and pdbqt_to_pdb.py in adt
#usage: pdbqts_to_pdbs.sh --input xxx.pdbqt


if [ $# -lt 2 ];then
    echo "usage: pdbqts_to_pdbs.sh --input xxx.pdbqt\n";
fi

if [ -d temppp ];then
    cd ./temppp
    rm ./* -f
else
    mkdir temppp
    cd ./temppp
fi
cp ../$2 ./
vina_split --input $2
rm ./$2
for file in $( ls );
do
    echo $file
    pdbqt_to_pdb.py -f $file -o $file'.pdb'
    echo  $file
        rm $file


done

#modify the name to short

rename .pdbqt.out_ligand "" ./*
rename .pdbqt "" ./*
let count=1
for file in $( ls );
do
    echo -e "MODEL $count\n" >>$2
    cat $file >>$2
    echo -e "ENDMDL\n" >>$2
    rm $file
    let count+=1
done
let count-=1
echo $count
rename .pdbqt.out.pdbqt _out_$count.pdb ./$2
cp ./* ../
cd ..
rm -f temppp -r
===========================================================
把这个脚本放到path中，实现和pdbqt_to_pdb.py同样的地位

hinry_jay

支持一下！不过计算机小白的我表示不太懂，也不知道怎么用。要是楼主能讲解下怎么用就更好了

hinry_jay

之前也遇到类似的问题，我都用openbabel实现转换，但是效果不理想. 楼主可否傻瓜式的教教怎么用？，先贿赂一下！

数据挖掘

hinry_jay 发表于 2013-10-11 16:03

                               
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之前也遇到类似的问题，我都用openbabel实现转换，但是效果不理想. 楼主可否傻瓜式的教教怎么用？，先 ...

你用linux操作系统吗？用的话我可以教下你step by step。

hinry_jay

数据挖掘 发表于 2013-10-12 15:30

                               
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你用linux操作系统吗？用的话我可以教下你step by step。

. Linux 一直想学，但没功夫。我都是在win下作对接的！

数据挖掘

hinry_jay 发表于 2013-10-12 15:52

                               
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. Linux 一直想学，但没功夫。我都是在win下作对接的！

化一个月时间  看 鸟哥的私房菜。

hinry_jay

数据挖掘 发表于 2013-10-24 19:26

                               
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化一个月时间  看 鸟哥的私房菜。

好！系统倒是装上了，就是不知道该如何着手！

popelrain888

谢谢分享原创脚本

尚12131

您好，我现在在学习用auto dock 但是一头雾水，不知道可否请大神交流一下

phenylazide

楼主把简单的东西弄复杂了。直接以下一句就好了：
obabel *.pdbqt -O *.pdb --gen3D

我用windows安装了open babel 2.4.1版本，效果很好, 而且速度非常快。