如何建立复合物中寡糖分子的top

枫叶苏 · 发表于 2013-9-26 09:36:28

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最近需要跑一个蛋白和寡糖的MD，但现在苦于找不到合适的方法生成寡糖分子的top文件。
想问一下大家是怎么生成寡糖top的？

leos · 发表于 2013-9-26 16:47:03

寡糖还是用glycamm力场比较好~

枫叶苏 · 发表于 2013-9-27 09:26:03

leos 发表于 2013-9-26 16:47

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寡糖还是用glycamm力场比较好~

是，可是我看一些有关寡糖的网页，都是用这个力场构建寡糖，但又不知道构建的寡糖怎么才能和复合物中的构象是一样的，坐标也不知道怎么确定.

枫叶苏 · 发表于 2013-9-27 09:26:22

leos 发表于 2013-9-26 16:47

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寡糖还是用glycamm力场比较好~

是，可是我看一些有关寡糖的网页，都是用这个力场构建寡糖，但又不知道构建的寡糖怎么才能和复合物中的构象是一样的，坐标也不知道怎么确定.

墨竹晓风 · 发表于 2013-9-28 13:08:03

如果是想获取坐标的话，模拟方法就是通过分子对接啊。试验的话，解析晶体

枫叶苏 · 发表于 2013-9-29 15:18:56

墨竹晓风发表于 2013-9-28 13:08

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如果是想获取坐标的话，模拟方法就是通过分子对接啊。试验的话，解析晶体 ...

我那个是复合物，寡糖的坐标是有的，可是在glycam官网写top时就有问题了，可能是那个网站有问题，我现在正写邮件和老外沟通。

墨竹晓风 · 发表于 2013-9-29 21:06:22

枫叶苏发表于 2013-9-29 15:18

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我那个是复合物，寡糖的坐标是有的，可是在glycam官网写top时就有问题了，可能是那个网站有问题，我现在 ...

哦哦，加油

桂理工-gypsy · 发表于 2013-11-4 21:11:51

一般对于小分子的top文件，我一般是用PRODRG生成的itp文件进行编写成top文件，复制itp里面的坐标结构信息，同时根据top文件的格式添加小分子的相关itp文件信息即可。例如添加：
; include the OPLS forcefield
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"

; and the SPC/E water model.
#include "spce.itp"

[ system ]
ligand in water

[ molecules ]
ligand 1

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