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Modeller 进阶教程 基于多模板的同源模建 所用的数据在multimodel.zip 在操作过程中遇到问题可以联系我：744891290@qq.com 背景： 在基础教程中，我们利用1bdmA进行模建蛋白TvLDH,而1bdmA有一段loop区域（resi93-100）是缺失的，而这段区域对功能来讲很重要。构建出来的模型，在这段区域dope打分很高。 所以是不合理的，需要进行优化。
步骤： Step1： 寻找合适的模版 在官网教程中是利用结构聚类的方法，找到1bdm的家族（2mdh:A,2mdh:B. 1b8p:Aand 1bdm:A).） 2mdh已经out了，被淘汰了，目前是4mdh取代2mdh。 也就是说官方的教程需要更新， 2mdh和4mdh的序列是完全不一样的。 也就是2mdh可能测序错误。 对他们进行结构序列的初步比对（salign.py）； 建议在比对之前先在pymol中align观察下。 ？？？ 为什么不选用基础教程中分析的模板（1b8p:A 7mdh:A 1bdm） 知道答案的，请联系我. 从pymol的align来看的话我觉得7mdh要好一点，所以下面的操作我选用7mdh Step2 多模板的初步序列3d比对 salign.py 得到fm00495.papfm00495.ali Step3 序列比对2d 3个模板的序列和要建立模型的序列进行比对align2d_mult.py 把fm00495中的比对结果作为一个整体进行调整，同时插入空格 Step4 基于多模板建立模型 models2mode.py Step5评价产生的模型 生成DOPE信息anly_dope.py， Input:xxx.pdb Out:xxx.profile 第一字段是氨基酸的序号，第42个字段是氨基酸的dope值 利用awk命令将其提取出来。 awk ‘{print$1 “ ”$42}’ xxx.profile >doep.score 然后作图分析。
参考 http://salilab.org/modeller/tutorial/advanced.html | 
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发表于 2013-9-23 19:04:01
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