巧用MOE修改蛋白质子化状态和残基名称

北京2013

pesticide_ccnu 发表于 2013-10-25 09:37

                               
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结构缺失那一块如果不是活性空腔区域的话可以直接删掉这些氨基酸 如果缺失部分重要的话 你可以尝试删掉H ...

您好，我想请问一下，我的pdb结构残基也缺失了，比如说66-68号残基，但不是活性部位，我想试一下，所以就没有添加，用amber做完能量最小化后，发现本来没有相连的65、69号残基连到一块了，这样对吗？pdb中缺失的残基一定得补全才可以做动力学吗？

pesticide_ccnu

北京2013 发表于 2014-5-23 18:21

                               
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您好，我想请问一下，我的pdb结构残基也缺失了，比如说66-68号残基，但不是活性部位，我想试一下，所以就 ...

缺失了 最好能补上 如果没补上 两个氨基酸之间要加TER标记 没标记的会默认是连到一起的

北京2013

pesticide_ccnu 发表于 2014-6-4 09:45

                               
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缺失了 最好能补上 如果没补上 两个氨基酸之间要加TER标记 没标记的会默认是连到一起的 ...

我可以弱弱的问一下怎样修补这些缺失的残基吗？需要通过同源建模吗？

pesticide_ccnu

北京2013 发表于 2014-6-4 16:47

                               
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我可以弱弱的问一下怎样修补这些缺失的残基吗？需要通过同源建模吗？

不需要这么麻烦 我知道的chimera可以直接修复（论坛有相关帖子） 如果是很短的loop区域可以不用同源建模

北京2013

pesticide_ccnu 发表于 2014-6-6 09:11

                               
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不需要这么麻烦 我知道的chimera可以直接修复（论坛有相关帖子） 如果是很短的loop区域可以不用同源建模  ...

嗯，知道了，真的非常感谢您的热心回复，谢谢。。。

j加速度123

请问下在模拟不同PH值下的氨基酸质子化情况，比如PH值为8.5，那酸性氨基酸名称需要改变吗？把GLU 改成GL4，ASP 改成AS4对吗？LYS,ARG,TYR需要改吗？

j加速度123

我在模拟恒定PH值（8.5）的蛋白结构变化，参照AMBER里的教程，改了GLU,ASP,HIS残基，到了能量最小化的时候，命令mpiexec sander.MPI -n 4 -O -i min.mdin -p com.parm7 -c com.rst7 -o com.min.mdout -r com.min.rst7 -ref com.rst7 -cpin com.cpin出现了At line 173 of file constantph.F90 (unit = 18, file = 'com.cpin'，Fortran runtime error: Cannot match namelist object name 'residue的问题，我该怎么修改呢？