生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

12
返回列表 发新帖

[Pymol] Pymol 使用小技巧6-芳环质心距离的画法

[复制链接]
 楼主| 发表于 2015-1-16 23:44:05 | 显示全部楼层
tianpingpei 发表于 2015-1-16 01:30
我想知道为啥我按照楼主那样操作,结果显示的是   
pseudoatom tmp, 183y-sb-f/53/cg+cz
                 ...

你的命令就写得有错误,但这个不是你的关键问题,和你交流后估计是你的pymol的问题。

如果链未知,也不是标准的pdb格式,链可以省略。

pseudoatom tmp, 53/cg+cz
发表于 2015-1-17 00:24:23 | 显示全部楼层
谢谢的热心和细心解答,我的pymol确实有问题,灰太狼帮我传的pymol成功解决问题。非常感谢。
发表于 2015-3-18 22:50:57 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2013-11-2 13:40
cg+cz表示phe53上的两种原子cg和cz,看上面的图。产生虚拟原子是在cg+cz两个原子连线的1/2处。如果是五元 ...

"cg" 和“cz”是通用?还是特指,就是换别的环时,比如说吡啶环,那怎么表示;就像qian430提的问题,那怎么手动调整到五元环中心呢?新手,望理解。谢谢!
 楼主| 发表于 2015-3-19 21:22:57 | 显示全部楼层
C15056981927 发表于 2015-3-18 22:50
"cg" 和“cz”是通用?还是特指,就是换别的环时,比如说吡啶环,那怎么表示;就像qian430提的问题,那怎 ...

前面我和qian430不是已经讨论过了吗?你没有看明白吗?
发表于 2016-10-24 16:23:31 | 显示全部楼层
顶!谢谢楼主
发表于 2017-2-24 15:41:55 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2013-11-3 19:59
呵呵 不蠢,只是一时没有想到,其实就是个示意图,表示一下。

其实如果是三元环或者五元环,可以直接把三个原子或5个原子都加起来就可以直接得到质心了,不用手动调。如五元环HIS命令:pseudoatom tmp, a/158/NE2+CE1+ND1+CG+CD2
 楼主| 发表于 2019-1-30 11:40:42 | 显示全部楼层
Hebe 发表于 2017-2-24 15:41
其实如果是三元环或者五元环,可以直接把三个原子或5个原子都加起来就可以直接得到质心了,不用手动调。 ...

好主意!
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3 )

GMT+8, 2025-5-23 05:39 , Processed in 0.058642 second(s), 18 queries .

Powered by Discuz! X3.4

Copyright © 2001-2020, Tencent Cloud.

快速回复 返回顶部 返回列表