Pymol 使用小技巧6-芳环质心距离的画法

川大-灰太狼 · 发表于 2015-1-16 23:44:05

tianpingpei 发表于 2015-1-16 01:30
我想知道为啥我按照楼主那样操作，结果显示的是
pseudoatom tmp, 183y-sb-f/53/cg+cz
...

你的命令就写得有错误，但这个不是你的关键问题，和你交流后估计是你的pymol的问题。

如果链未知，也不是标准的pdb格式，链可以省略。

pseudoatom tmp, 53/cg+cz

tianpingpei · 发表于 2015-1-17 00:24:23

谢谢的热心和细心解答，我的pymol确实有问题，灰太狼帮我传的pymol成功解决问题。非常感谢。

C15056981927 · 发表于 2015-3-18 22:50:57

川大-灰太狼发表于 2013-11-2 13:40
cg+cz表示phe53上的两种原子cg和cz，看上面的图。产生虚拟原子是在cg+cz两个原子连线的1/2处。如果是五元 ...

"cg" 和“cz”是通用？还是特指，就是换别的环时，比如说吡啶环，那怎么表示；就像qian430提的问题，那怎么手动调整到五元环中心呢？新手，望理解。谢谢！

川大-灰太狼 · 发表于 2015-3-19 21:22:57

C15056981927 发表于 2015-3-18 22:50
"cg" 和“cz”是通用？还是特指，就是换别的环时，比如说吡啶环，那怎么表示；就像qian430提的问题，那怎 ...

前面我和qian430不是已经讨论过了吗？你没有看明白吗？

乐仁释 · 发表于 2016-10-24 16:23:31

顶！

谢谢楼主

Hebe · 发表于 2017-2-24 15:41:55

川大-灰太狼发表于 2013-11-3 19:59
呵呵不蠢，只是一时没有想到，其实就是个示意图，表示一下。

其实如果是三元环或者五元环，可以直接把三个原子或5个原子都加起来就可以直接得到质心了，不用手动调。如五元环HIS命令：pseudoatom tmp, a/158/NE2+CE1+ND1+CG+CD2

川大-灰太狼 · 发表于 2019-1-30 11:40:42

Hebe 发表于 2017-2-24 15:41
其实如果是三元环或者五元环，可以直接把三个原子或5个原子都加起来就可以直接得到质心了，不用手动调。 ...

好主意！

罗青 · 发表于 2020-9-4 23:55:57

感谢楼主

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