modeller同源建模后，怎样进行环区替代？

0703114邓 · 发表于 2013-8-10 17:28:05

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刚学习同源建模，遇到一些问题请教大家：我做的是G蛋白偶联受体GPR55，我采用了同源性比较高的四个蛋白作为模板用modeller进行同源建模，这四个蛋白的序列号分别为：3EML, 2Y00，30DU, 3VW7。建模之前将这四个蛋白里面的水和配体都删除了，建模后并进行advanced optimization options，得到的10个构像，用了第一个构象拉式图的结果好点，但也不算很好，我又用chiron对其进行优化，得到的结果还是不理想，结果见图1，2。一维和三维的结果相差很多，我猜想是环区的问题，有一篇文献已经做过GPR55的同源建模，文中只选取了3EML作为模板，环区进行了替代，其相关做法见图3，但不知道环区替代怎样进行，请大家帮忙解决！谢谢大家！

0703114邓 · 发表于 2013-8-20 08:59:42

嗨，无人应答，

川大-灰太狼 · 发表于 2013-8-20 12:45:16

换取替代 leos兄在群里也说过，用pymol先 align，然后把pdb文件中的对应环区拷贝过去就行。当然也有yasara这样的软件可以做分段模建。

0703114邓 · 发表于 2013-8-20 22:18:05

嗯，非常感谢，

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