生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 6218|回复: 5

[虚拟筛选] 基于小分子的虚拟筛选

[复制链接]
发表于 2012-10-24 16:18:20 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
我最近正在做基于小分子的虚拟筛选来筛选一个蛋白质的拮抗剂,看了好多文献都不知道从哪一步开始做起,谁能教教我,能有详细具体的步骤最好。非常感谢。
发表于 2012-10-26 19:12:10 | 显示全部楼层
在此,以下载linux系统的zine数据库为列,到官网找到下载的脚本,当然是根据自己的需要下载对于的脚本,有类药性的,有的是已经是药物的,有的是先导化合物库,如下载类药性数据库的脚本,且格式是mol2的,当然你可以选择其他格式的,usual.mol2.csh,下载这个脚本几十秒钟,然后在终端执行脚本,命令就是 . /usual.mol2.csh
发表于 2012-10-25 17:23:19 | 显示全部楼层
首先你要找到受体蛋白的3D结构,找到活性位点,寻找活性位点的方法,论坛中有,在此不予重叙。
然后,从小分子数据库中寻找小分,进行筛选,推荐免费的ZINE数据库,http://zinc.docking.org/ ,一次可下载十几万个小分子化合物。
最后,建议应用PyRx做虚拟筛选,因为简单免费,方法论坛中也有,在此不在累赘。
发表于 2012-10-26 15:55:29 | 显示全部楼层

能介绍一下ZINC 的下载方法,linux的,我看网上说了一些,但没下载成功(下的只是超级小的东西)。
发表于 2012-10-26 18:51:16 | 显示全部楼层
应该是你不会用ZINE数据库,你只要下载的哥脚本,然后执行脚本后,计算机就会下载小分子数据库。注意要链接互联网。
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3 )

GMT+8, 2024-12-26 01:41 , Processed in 0.090795 second(s), 22 queries .

Powered by Discuz! X3.4

Copyright © 2001-2020, Tencent Cloud.

快速回复 返回顶部 返回列表