Autodock对接时应如何处理离子型配体

MagicAn · 发表于 2020-10-9 17:32:09

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我用Autodock做对接时，小分子配体是一个季铵盐，但是系统处理生成pdbqt文件时没有考虑N原子的电荷，处理之后整个分子的总电荷是0，查阅一些资料又说手动修改Gasteiger电荷不能直接加上相应价态，会有误差，请问这种情况应该如何处理？

tuxiao · 发表于 2021-10-10 14:39:19

改用SeeSAR，SeeSAR会自动根据生理情况对小分子进行处理

tuxiao · 发表于 2021-10-10 14:41:46

这样就可以了

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[AutoDock&Vina] Autodock对接时应如何处理离子型配体