使用MolAICal快速进行从头药物设计

MolAICal

使用MolAICal快速进行从头药物设计

更多教程（含英文教程）请见如下：

MolAICal官方主页：https://molaical.github.io

MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html

MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com

简介

本教程选择Mpro作为研究实例来介绍MolAICal (https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161) 从头药物设计的功能。Mpro的晶体结构已经被科学家解析出来 (PDB ID: 6LU7, 6Y2F, etc)（如图1所示），具体实例可以参考：https://molaical.github.io/quickstart.html

图1

图1. 蛋白受体Mpro的结构

工具

1. 所需软件下载地址

1) MolAICal: https://molaical.github.io/

2) UCSF Chimera: https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

请确保软件的正确安装。

2. 示例文件

软件操作教程中示例文件下载地址如下：

https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/000-quickStart

操作流程

1. 下载并打开教程文件“InputParFile.dat”文件, 本教程需要对四个参数进行修改，修改内容如下:

------------------------------------------------------------------------------------------

receptorPDB                          mproNolig.pdb

startFragFile                           startFrag.mol2

centerPoints                         -10.733 12.416 68.829

boxLengthXYZ                    30.0 30.0 30.0

-------------------------------------------------------------------------------------------

将“receptorPDB” 设置为无配体结合的Mpro结构文件。将“startFragFile” 设置为初始片段。“centerPoints”和“boxLengthXYZ”分别代表盒子中心和长度。

2. 下载并打开教程文件夹 “000-quickStart”, 运行如下命令:

[mw_shl_code=bash,true]#> molaical.exe -denovo grow -i InputParFile.dat[/mw_shl_code]

结果

计算结果保存在名为“001-AIGrow/results”的文件夹中。“AstatisticsFile.dat”文件记录了所设计配体的containID, Name, Cluster, Affinity, Formula, InChIKey等信息。此文件只是对结果的一个简单演示，不含完整运算结果。完整结果可以在所有运算结束后获得。打开蛋白受体的配体N3晶体结构文件ligand.mol2，及软件生成的配体结构文件lig_11.mol2，如图2所示:

图2. 软件设计的Mpro配体结构（白色）和Mpro抑制剂N3的晶体结构（红色）

mambo

这是啥软件？

MolAICal

mambo 发表于 2020-8-12 09:13
这是啥软件？

是一款药物设计软件，既可以可以使用深度学习模型进行药物设计，也可以进行传统的从头药物设计和虚拟筛选，还可以计算一些药物属性，比如类药五原则，PAINS等