Modeller建模时如何同时对模板中的原子配体建模

Canon

本人小白一枚，求大神指点……我现在想建模的这个酶分子在其活性中心处有一个Cl离子，模板已经找到且含有Cl离子，怎么通过建模的方法得到一个含有Cl的模型，或者说是通过构建好的不含Cl的模型与Cl进行Autodock建模？

川大-灰太狼

构建好模型后，把Cl的原子坐标拷贝到新的pdb文件中即可。