原创--金属酶体系的分子动力学模拟

枫叶苏 · 发表于 2013-9-26 09:46:27

坐等gromacs的金属体系MD。

蜉蝣于天地 · 发表于 2014-1-2 19:47:31

Ca离子的参数文件可参考http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber/
Zn离子可以按照上面分别做成frcmod 和 prep

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-1-10 19:54:46

想问一下gromacs中钙离子怎么处理？谢谢

北极熊在飞 · 发表于 2014-8-25 14:18:48

您好！我看了您的amber金属酶体系的帖子！有几个问题想咨询您！
离子参数你贴出来了，但是是怎么来的呢？？还有能否能对参数文件稍微解释下是什么意思呢。
另外不知道您用过MCPB做金属离子参数计算没，如果做过的话我也想跟您讨论下，谢谢

xiaoniurj · 发表于 2015-5-4 10:26:55

含金属离子的熵变是怎么计算出来的啊？

植物人的米 · 发表于 2015-5-7 09:25:25

多谢大神分享

Rose520 · 发表于 2021-6-19 15:34:27

请问大神，如果蛋白含铁原子如何做呢？

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