在蜘蛛毒素GMX的结果分析中遇到的

Anna

大家好，我最近在用蜘蛛毒素来初练GMX软件，现在在最后的结果分析阶段，出了点儿小问题，虽然我已经上网搜过相关的内容，但是还是没有解决，请各位高手各位同仁帮我分析下，Anna先谢过了，同时也为后来人做好铺垫。

1、运行完do_dssp –s  md.tpr  –f md.trr –o fws_ss.xpm后，出现“段错误（核心已转储）”（附图一）

2、计算一个 2ns（2000ps ）模拟的后500ps的平均结构命令：

g_rmsf –f md.xtc –s fws_em.tpr  –b 1501 –e 2000 –o traj_rmsf.xvg  –ox  traj_avg.pdb，运行后出现Fatal error: Specified frame doesn’t exsit or file not seekable.(附图二)

3、要用特定帧（此例中为3000ps ）代替整个轨迹的命令：

trjconv -f md.xtc -s md.tpr  -o time_3000ps.pdb -dump 3000，运行后出现Warning no output, last frame read at t=6 (附图三)

Anna

在海洋的帮助下，第二个问题已经解决，谢谢海洋。命令应该为：g_rmsf –f md.trr–s fws_em.tpr  –b 1501 –e 2000 –o traj_rmsf.xvg  –ox  traj_avg.pdb

海洋

Anna 发表于 2013-1-17 21:13

                               
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在海洋的帮助下，第二个问题已经解决，谢谢海洋。命令应该为：g_rmsf –f md.trr–s fws_em.tpr  –b 1501  ...

,xtc文件可能有问题了

浪模拟

问题解决了吗？