在GMX4.5.5安装过程中，ubuntu系统下环境变量需要如何设置命令

Anna

首先感谢小新和阿里兄的帮忙，在他们的帮助下，我顺利地完成了gromacs,fftw,cmake的安装，但在设置环境变量上还存在一定的问题，不知道环境变量的命令是否输入准确。分别用命令cd gmx\fftw-3.2.2 ；命令cd gmx\gromacs-4.5.5和命令cd gmx\cmake-2.8.2分别可以进入我解压后的文件夹fftw-3.2.2 、gromacs-4.5.5和cmake-2.8.2。
大家帮我分析一下，我这样改变环境变量对吗？
首先，fftw的为：
cd gmx\fftw-3.2.2
export CPPFLAGS=-I/gmx/fftw-3.2.2/include
export LDFLAGS=-L/gmx/fftw-3.2.2/lib
其次，gromacs的为：
cd gmx\gromacs-4.5.5
export PATH=$PATH:/gmx/gromacs-4.5.5/bin
fftw的环境变量路径和gromacs的环境变量路径，分别按回车后没有error提醒，是不是就代表成功了啊？
最后，cmake的为：
cd gmx\cmake-2.8.2
sudo gedit /gmx/.bashrc,此命令运行后，报告错误为"gedit /gmx/.bashrc:找不到命令"，不知道问题出在哪里。
请大家帮我分析下原因，我刚开始GMX还不怎么懂，在安装上都花了很长时间，才进步到现在{:soso_e101:}。
谢谢帮助过我的人们{:soso_e100:}

墨竹晓风

不知道你的安装步骤。但是环境变量的设置不应该在软件的目录下，应该在用户名目录下。在任意终端下输入 cd ~  ，然后gedit .bashrc

Anna

墨竹晓风 发表于 2013-1-9 09:09

                               
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不知道你的安装步骤。但是环境变量的设置不应该在软件的目录下，应该在用户名目录下。在任意终端下输入 cd  ...

哦，谢谢你，我再试试看。具体的安装步骤如下：
首先，cd gmx进入含有fftw，cmake,gromacs三个文件夹的gmx文件夹下。依次进行：sudo apt-get update; sudo apt-get dist upgrade; sudo apt-get build-essential
其次，gcc,g++,gfortran
再其次如下，
FFTW:
./configure --enable-threads --enable-float
make
make install
Cmake:
./configure
make
sudo make install
Gromacs:
./configure
make
make install
最后，设置环境变量

川大-灰太狼

正如墨兄所说，你登陆用户的环境变量设置是在用户目录下.bashrc（我的是Centos5.5），比如你是用root管理员登陆，那么你的环境变量文件应该是在 /root/.bashrc  而不是/root/gmx/.bashrc
习惯使用vi编辑器，终端输入
[code=Bash width=600px] vi .bashrc[/code]
或者更精确的写
[code=Bash width=600px] vi /root/.bashrc[/code]

如果为了确保找到其他系统的环境变量可以在用户目录打开终端，输入：
[code=Bash width=600px]ls -a | grep .bash[/code]
终端会告诉你有哪些以.bash 开头的文件，这样就可以看到.bashrc文件。

zhoumin

export PATH=$PATH:/gmx/gromacs-4.5.5/bin
export CPPFLAGS=-I/gmx/fftw-3.2.2/include
export LDFLAGS=-L/gmx/fftw-3.2.2/lib
这几个命令的gmx前面怎么没有home?,gmx应该是你的用户名吧？

Anna

zhoumin 发表于 2013-2-17 08:45

                               
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export PATH=$PATH:/gmx/gromacs-4.5.5/bin
export CPPFLAGS=-I/gmx/fftw-3.2.2/include
export LDFLAGS=- ...

恩，问题已解决，嘿嘿……新年快乐

暗地纯白

anna你好，我最近在安装gromacs4.5.5，但是出现一些问题，看到你 的帖子之后想咨询下你一些问题。
可以给我一个你安装的具体步骤（从一开始到最后）吗，cmake是不是在4.5.5这个版本不用安装？

atmdd

Anna 发表于 2013-2-20 15:10

                               
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恩，问题已解决，嘿嘿……新年快乐

你好，我安装的gromacs版本还有方法和你的是一样的，请问你是怎么解决环境变量的问题的？