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[Gaussian] 计算化学,难啊

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发表于 2012-12-16 09:36:51 | 显示全部楼层 |阅读模式

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   本人非科班出身,这个暑假才开始接触分子模拟。也看了下计算机辅助药物设计的书,虽不甚求解,也能看明白。
话说各个论坛中不少战友推荐陈正隆的《分子模拟的理论与实践》、许筱杰的《计算机药物分子设计》、陈敏伯的《计算化学——从理论到分子模拟》。认为比较适合新手阅读。
正好,在图书馆看到崭新的陈敏伯的《计算化学——从理论到分子模拟》,大喜,弄回来了。
前几天翻了翻,天书啊,都是计算公式。想当初看到同济的高数就发晕呢。
陈敏伯的《计算化学——从理论到分子模拟》前言中要求读者最好有量子力学、统计力学的基础。
咱都没有,只好先看看从量子化学等最基础开始吧。
在这里,推荐日本《图解量子化学》。虽说书很老,真的很直观,非常适合像我这样的新新手。
还有优酷上的南开大学孙宏伟老师的《量子化学》,很全。链接如下:
http://www.soku.com/search_video/q_%E9%87%8F%E5%AD%90%E5%8C%96%E5%AD%A6_orderby_1_page_4  (这个我也没看,看过的战友给个评价{:soso_e144:})
恩,2013上半年的计划就是学这些了。
你可能要问,你为什么要学这一块呢?
就从我的背景出发啊,我学医学,熟悉动物/细胞实验,熟悉人体生理、药理知识,也了解蛋白质、基因等分子生物学知识。化学差不多忘了,现在熟点也就是中药化学了。
再说我现在是在一专科学校中药系工作,学校无经费、无仪器。所以想借助模拟类做点东西。我目前想法(1)中药成分很复杂,借助虚拟筛选或分子对接手段筛选出活性成分。(我也就接触PyRx, autodock(2) 模拟来阐述某一中药的作用机理。
那么,请问,各位大侠,你觉得我需要补充或加强哪些方面的啊?毕竟我还是想好好深入,发挥我的优势,中西结果。请各位畅所欲言,多多指点!谢谢{:soso_e183:}

《图解量子化学》.pdf

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发表于 2012-12-16 10:42:20 | 显示全部楼层

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感觉浙医同学已经懂的很多了~做模拟对于缺乏经费的研究者来说确实是发文章的一条道路。建议浙医先查阅一下现在有没有做类似研究的报道,然后再应用在你的体系上。祝好!
发表于 2012-12-17 16:47:35 | 显示全部楼层
这是第几版啊?
发表于 2012-12-20 11:56:55 | 显示全部楼层
精神可嘉啊!autodock或amber比较适合生物大分子的计算模拟,首先要把软件操作学会!边做边学!
目前我主要就用Gaussian做些简单的反应机理,做得也不深!所以也提不出啥建设性的意见哦!
发表于 2012-12-28 15:01:09 | 显示全部楼层
孙宏伟老师那个是结构化学基础,不是量子化学,不过前一半讲的是量子化学入门。讲的还不错,听过一遍之后,如果还有一定的微积分和线性代数基础,就可以直接看量子化学了。不过我觉得只做虚拟筛选貌似没必要把量子化学以及统计力学搞的特别明白,会用软件就好了吧。。。书的话感觉郭宗儒的《药物分子设计》还不错,不要求很多的理论基础
发表于 2013-7-23 10:45:26 | 显示全部楼层
{:soso_e179:}同是刚接触模拟,老师就有如此有条理的安排和目标,敬佩!我们也须努力加油了。
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