Ubuntu下LAMMPS的并行安装教程（最新版）

redream

                                                                                                最近一直有些新人咨询如何在 Ubuntu下安装并行版的LAMMPS。尽管本人不推荐用ubuntu桌面版做并行计算（server版不错）， 但还是想写一个帖子来回答这个问题。

网络上有很多教程教大家安装，但大多有点老旧了，跟不上LAMMPS版本的发展。官网上有ubuntu系统下的预编译版，但完全不推荐；因为LAMMPS包含的包很多，不需要所有的都安装上。全安装上，在一定程度上会影响到计算效率，这有点像你去旅游，背了很多根本用不到的沙袋走路。

在任何类Unix操作系统下安装软件，不外乎如下步骤：
1.  检查依赖包 2. 安装没有的依赖包 3.按说明安装软件，并设置路径

下面就具体介绍安装步骤：

Ubuntu下安装LAMMPS并行版需要安装必要的依赖包，都包含哪些呢？你可以到你lammps源程序下的src/MAKE/MACHINES下找到Makefile.ubuntu文件； 用文本浏览软件打开它（命令行也行，比如  less Makefile.ubuntu）。
你会看到前10行有依赖包的介绍。 2016版的如下（版本有变，可能依赖包会有变化，大家都可以找到这个文件打开看看）：
----------------
# ubuntu = Ubuntu Linux box, g++, openmpi, FFTW3

# you have to install the packages g++, mpi-default-bin, mpi-default-dev,
# libfftw3-dev, libjpeg-dev and libpng12-dev to compile LAMMPS with this
# makefile
包含，g++编译器，如果你安装user发展的包，可能还要用到gfortran编译器； 并行包，mpi编译器，fftw库，图片打印输出库等。

1.        我们首先检查下依赖包：在命令行下 用 which命令进行检查是否存在。
执行： which gcc  ;  which g++; which mpirun; which mpic++; which gfortran等。Fftw，jpeg,png等库要到/usr/include下查看有没有fftw3等相应的头文件。 有了就不需要再次安装，没有就需要先安装上。

2.        假定你上面的依赖包都没有（重复安装无所谓），请顺序执行下面命令： 【这些安装要su root下；LAMMPS安装不需要root权限】
a)        apt-get install gcc*
b)        apt-get install g++*
c)        apt-get install mpi-default-*
d)        apt-get install libfftw3*
e)        apt-get install libjpeg-*
f)        apt-get install libpng12-*
确保上面的库都安装上，安装过程中可以看到是否已经装上，没有的话，窗口会等待让你输入 yes

3.        上面包安装好后，进入到 lammps/src/MAKE下，把MACHINES下的 Makefile.ubuntu文件 复制到 MAKE下，这时，你看到MAKE下还有 .mpi, .serial两个Makefile文件。
4.        到src下执行make package-status查看有哪些包是yes态和no态；yes表示安装，no表示不安装。用make yes-包名或make no-包名， 加载/取消你安装的包。选择自己必要的包就行了。
5.        进入src下执行 make Ubuntu 命令，等待安装； 安装结束后，会生成一个lmp_ubuntu可执行程序，这个就是你要的了
6.        在你的家目录下（比如/home/zhangsan），执行mkdir bin见一个bin文件夹，并把lmp_ubuntu复制到此文件夹下； 然后 cd 到 家目录 vi .bashrc 文件。在此文件的最后一行 加入 export PATH=/home/zhangsan/binPATH;保存并 source .bashrc。 最新执行 which lmp_ubuntu查看下是不是可以找到路径。可以的话，可结束安装了。


上面的步骤完成后，安装就结束了， 你可以cd 到 example下的例子中(比如 micelle下)，执行 lmp_ubuntu < in.micelle 或者 mpirun -np 2 lmp_ubuntu < in.micelle 看看是否可以用。

Linux下软件的安装，根本在依赖包的安装和路径的设置，这些搞定，安装不会有障碍。


                    

xufund

学习了。谢谢！