用pymol做align时出现错误

哈尼月月 · 发表于 2016-9-5 10:58:59

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用pymol做align时出现错误，如下图，求助论坛大神帮忙~谢谢

川大-灰太狼 · 发表于 2016-9-6 22:15:21

首先，你是做什么的叠合？是小分子还是蛋白质？其次，你的操作过程是如何的？到哪一步报错的。

哈尼月月 · 发表于 2016-9-8 13:13:06

川大-灰太狼发表于 2016-9-6 22:15
首先，你是做什么的叠合？是小分子还是蛋白质？其次，你的操作过程是如何的？到哪一步报错的。 ...

蛋白质与蛋白质，操作过程就是打开两个蛋白质的PDB结构（PDB：4bsw,2wah）后，选择align-to molecule，之后就出现错误，但是其他蛋白质结构align没有问题。

川大-灰太狼 · 发表于 2016-9-10 09:37:01

哈尼月月发表于 2016-9-8 13:13
蛋白质与蛋白质，操作过程就是打开两个蛋白质的PDB结构（PDB：4bsw,2wah）后，选择align-to molecule，之 ...

是你的蛋白文件有问题，从蛋白质库中下载的不是标准的蛋白文件，可以使用yasara，LeadIT，DS，maestro，pymol等工具软件重新另存一下该文件为pdb，就可以了。

2wah-2.pdb (279.78 KB, 下载次数: 5)

哈尼月月 · 发表于 2016-9-12 10:08:01

谢谢你的帮忙，原来这样~

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[Pymol] 用pymol做align时出现错误