对接过程

hanlan8702 · 发表于 2016-3-20 22:06:09

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请问，各位，对接过程，如果配体与受体离得很远怎么移动，或者如何设置box？谢谢。

川大-灰太狼 · 发表于 2016-3-22 22:16:57

需要指定活性位点，以晶体结构中的原始配体结合位点为准。

hanlan8702 · 发表于 2016-3-23 08:54:34

川大-灰太狼发表于 2016-3-22 22:16
需要指定活性位点，以晶体结构中的原始配体结合位点为准。

谢谢。那是不是要从文本文档里面找到活性位点？我导入配体怎么移动位置？还是box设置好后，在程序计算过程中，配体会自主迁移到box里面进行对接？

341176 · 发表于 2016-10-10 00:30:30

你可以下载原始的PDB文件，然后用chinera打开，在这个软件里面你可以找到X,Y,Z配体的活性位点，然后在ligand.txt里面改一下就可以了

hanlan8702 · 发表于 2016-10-10 14:48:58

341176 发表于 2016-10-10 00:30
你可以下载原始的PDB文件，然后用chinera打开，在这个软件里面你可以找到X,Y,Z配体的活性位点，然后在ligan ...

具体是怎么查看x,y,z的坐标位置的？通过chimera。

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