gromacs 为什么我的系统没问题，但是没有进行计算

小丸子

大家好，我想做一些DNA在graphene substrate上的模拟， 软件用的gromacs，force field用的martini， 我用matlab创建的系统的.gro文件，itp文件，top文件，参数设置如下：
;
; full MD
;
;
; Preprocessing
;
title   = CGDNA
cpp   = /user/bin/cpp
;include  = -I../top
;define   = -DPOSRE
;
; Run control
;
integrator  = md
dt   = 0.001
nsteps   = 2000000
;
comm_mode  = Linear ; Linear, None, Angular
nstcomm   = 10
comm-grps  = System
;
; Output control
;
nstfout   = 100000
nstxout   = 100000
nstvout   = 100000
nstlog   = 100000
nstenergy  = 100000
nstxtcout  = 100000
xtc_grps  = System
energygrps  = TET plan1
energygrp_excl  = plan1 plan1
;
; Neighbor searching
;
nstlist   = 10
ns_type   = grid
pbc   = xyz ; xyz, no (vacuum), full (infinite)
rlist   = 1
;
; Electrostatics and VdW
;
coulombtype  = Cut-off
rcoulomb  = 1
;
vdwtype   = Cut-off
rvdw   = 1.2
;
; T coupling
;
tcoupl   = no  ; for sd, tcoupl is ignored
tc-grps   = System
tau_t   = 0.05
ref_t   = 300
;
; P coupling
;
pcoupl   = no
;
; Velocity generation
;
gen_vel   = yes
gen_temp  = 300
gen_seed  = 173529
;
; Bonds
;
constraints  = none ; none, all-bonds
;
; Non-equilibrium MD
;
freezegrps  = PET plan1
freezedim  = Y Y Y Y Y Y
;Apply Electric Field
E-x                      =
E-xt                     =
E-y                      =
E-yt                     =
E-z                      =; 1 0.1 0.0
E-zt                     =

当我运行时，系统没有报错，但是也没有运行结果出来，我看了下log文件，里面的最后一段是

Started mdrun on node 0 Wed Nov 28 23:02:33 2012
           Step           Time         Lambda
              0        0.00000        0.00000
   Energies (kJ/mol)
           Bond       G96Angle    Proper Dih.        LJ (SR)   Coulomb (SR)
    4.19801e+05    1.40206e+03    3.49599e+03    8.36580e+20    8.17307e+04
      Potential    Kinetic En.   Total Energy    Temperature Pressure (bar)
    8.36580e+20            inf            inf            inf            inf
我不明白这是为什么，不知道哪位高人可以指点指点额。 拜托了。

浪模拟

用MATLAB也能做？