求助！modeller如何使用2个模版对融合蛋白进行建模？？

沈淼淼

求助贴！！楼主小菜鸟刚刚开始学习modeller软件，目前的水平仅仅是在论坛里 @lrf1980 大侠modeller学习心得贴一～五的帮助下学习了modeller的basic example的建模过程。
然而楼主的实际建模对象是一个融合蛋白（蛋白A的一小段＋GGGGSGGGGSGGGGS linker +蛋白B），其中蛋白A和蛋白B都有从文献中选择好的模板。

                               
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情况跟modeller官网FAQ的第1个例子非常像。楼主自己理解了一下，就是这种情况的建模可以通过model_multiple.py

                               
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这个脚本来实现，但是前提是要将两个模版分别与目标融合蛋白对准对齐。
楼主想请教各位大神的问题如下：1.楼主目前想到的这种建模的思路是否正确可行？
2.控制两个模版分别与目标融合蛋白按照一定的要求对准对齐是通过什么脚本来实现的呢？求有这种脚本的大侠指教！！或者官网其实有类似的介绍但是被我粗心地忽略了，也请知道的大侠提点一下！！

楼主尚在初学阶段，所提的问题都还很粗糙，还请各位大侠多多见谅多多指导！！！！

ps：发现帖子中的两张官网截图显示不出，我重新发在附件中了。

lrf1980

1. 建模是否可行的问题，永远都是一个无法直接回答的问题。因为建模的基本原理是利用了序列相似结构也会相似的那么一个假设，而且这个假设还有一个置信区间，所以不先明白这些问题，然后就通过建模来直接判断模型是否达到要求，是有很大风险的。个人感觉中间加了一个linker，就感觉用一个绳子绑着两个球，你可能两个球的形状是可以根据提供的模板很好的预测，但是这两个球的相对位置，怎么摆放，什么关系是很难通过建模来判断。更多的可能是需要通过动力学模拟来优化。而建模只是提供了一个开始的方式。保守的办法就是看看他人有没有这种做法，如果有，他们是怎么解决上面说到的问题。另外，如果将A+linker+B的序列看成一个蛋白质序列，是否能找到一个模板，哪怕align后similarity较低，都建议把这个模板放进去，用三个模板来建模，会好过单独用A的模板加B的模板。
2. 至于怎么align 模板，其实很简单，先用modeller自己的align脚本align A和它的模板，然后再用align脚本align B和它的模板。最后将它们copy paste放在一个文件，造出一个alignment的文件就可以。

沈淼淼

感谢 @lrf1980 大侠的帮助！！！
1.您的判断很准确，我后续想要做的确实是通过动力学模拟来优化这个融合蛋白各个部分的相对位置等等。分子动力学模拟的问题非常庞大，而我现在在做的也只是最开始的建模而已。
2.我把两段蛋白分别与其模板align后拼接在了一个alignment文件中，但接着运行model-multiple.py脚本时却一直报错。我怀疑是我拼接修改的过程中，氨基酸对齐的数目出了错，但是尝试了很多种可能但依然报错。我把几个alignment文件和log文件放在附件中，可否麻烦您帮我看一下是什么问题？
3.另外我还有一个问题想要请教：我想对一个由24个同种亚基组成的铁蛋白进行建模，目前该亚基的模型有了，相应的由24个亚基构成的铁蛋白的模板也已经找到，在modeller中使用怎样的脚本才能完成这样的建模呢？（也就是说我想在铁蛋白亚基上进行一些修饰，但是亚基修饰完了不知道怎么再把24个亚基装回去。。。当然也仅仅是最开始的建模，后续的优化调整等等工作还是要靠分子动力学的模拟来完成。）
求各路大神赐教！！

沈淼淼

lrf1980 发表于 2016-2-17 14:19
1. 建模是否可行的问题，永远都是一个无法直接回答的问题。因为建模的基本原理是利用了序列相似结构也会相 ...

感谢lrf1980老师的应助！！！

lrf1980

沈淼淼 发表于 2016-2-18 17:07
感谢 @lrf1980 大侠的帮助！！！
1.您的判断很准确，我后续想要做的确实是通过动力学模拟来优化这个融合蛋 ...

能把你做建模时用的两个模板蛋白pdb文件也发出来么？

感觉你写的建模脚本里没有明确指示每个模板蛋白用的是哪个链来做模板，因为3a68从信息上看，pdb结构文件中应该包含了好几条链。

另外你的融合蛋白中间的那小段linker的长度是多少？
---------------------------------------------------------------------------
----------------------------------------VDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYFYAPEL
LFFAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGERAFKAWAVARL----------
---------------------------------------------------------------------------
---------------------------------------------------------------------------
---------------------------------------------------------------------------
---------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------MTTAS-TS
QVRQNYHQDSEAAINRQINLELYASYVYLSMSYYFDRDDVALKNFAKYFLHQSHEEREHAEKLMKLQNQRGGRIF
LQDIKKPDCD-DW---ESGLNAMECALHLEKNVNQSLLELHKLATDKNDPHLCDFIETHYLNEQVKAIKELGDHV
TNLRKMGAPESGLAEYLFDKHTLGDSDNES*

感觉你这个粘贴是直接两个alignment文件粘在一起。正确的粘发应该是根据你先排好融合蛋白的序列，然后根绝单个模板align好的结构去抓取3a68和1ao6

沈淼淼

lrf1980 发表于 2016-2-19 14:56
能把你做建模时用的两个模板蛋白pdb文件也发出来么？

感觉你写的建模脚本里没有明确指示每个模板蛋白用 ...

嗯！！谢谢lrf1980大大！！好鸡冻！！因为就在刚才我重新尝试了一下1.把模板3a68替换成了2fha（3a68是一个有24条链的模板而2fha只有1条链），2.重新直接复制粘贴并且把GGGGS加了进去。然后就成功啦！！我之前一直以为是手动粘贴alignment文件会导致对齐失败造成的，刚才又看了您的提示发现确实是脚本里指向3a68这个模板写的不明确的原因。
好开心！！对于一个小菜鸟来说这个问题折磨我许久终于看到曙光啦！！！

嗯……不过下一步的问题也来了……
求问大大：我一直想用3a68这个模板是有原因的，我最终想做的是一个24亚基组成的铁蛋白的模型，而文献中就是通过3a68作为模板用modeller将24个亚基组装成相应的笼状结构。想了很久不知道24个亚基的组合要怎么实现，还请大大给些指导和提示！！
另外，我可以在论坛上加您的好友吗？？
谢谢！！

lrf1980

3a68有很多的链也没有关系，你可以通过pymol或者是用写字板打开pdb文件，删除其它的链。
在pymol里，你可以先load pdb，然后在命令行里直接remove chain A，就可以删除chain A，重复这个步骤，保留你想要的那个链就好。然后另存为pdb文件

如果已经有文献，我觉得你依葫芦画瓢，跟着文献走一遍，我想大概就能够搞定了。

好友随便加：）