关于CaDA模型用来模拟ZN蛋白的问题？

stone · 发表于 2015-10-30 20:50:32

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请教各位，关于Zinc Protein Simulations Using the Cationic Dummy Atom (CaDA) Approach，按照官网的说明将各个文件已经放到amber中了，但是不知道怎么构建模拟体系？不明白
original_zinc.pdb
revised_zinc.pdb
这两个文件怎么使用？有哪位大神用过这个方法，还请指教一下，感激不尽！
CaDA模型官网：
http://www.mayo.edu/research/lab ... -atom-cada-approach

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