两块建模的蛋白可以连接起来吗？

kangsgo · 发表于 2015-8-24 19:26:32

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是这样子的，只有一部分蛋白能被同源建模出来，我想做分子动力学，但是gromacs的手册上说需要完整的蛋白才能够获得较好的结果，所以我想从头建模补全后面的大约100来个氨基酸残基，那么请问我可以把两个建模的蛋白连接起来么？

lrf1980 · 发表于 2015-8-25 08:43:25

用从头建模补全后面100个氨基酸，然后连接两种建模方法得到的模版？我从来没有见过这个尝试，首先这里面一个基本假设会有很大的问题，在从头建模后面100个氨基酸时，方法的前提就是周围只有这100个氨基酸，而连接后，周围就不是。所以.....。另外只建一部分蛋白质结构再做动力学计算也能得到很好结果。

墨竹晓风 · 发表于 2015-8-27 14:51:05

题主的方法，我也没有见过这个尝试。
如果后面这一段不重要，那么可以只模拟前一段就行了。如果两段都重要，那尝试全部从头计算建模吧。

kangsgo · 发表于 2015-9-8 07:45:18

lrf1980 发表于 2015-8-25 08:43
用从头建模补全后面100个氨基酸，然后连接两种建模方法得到的模版？我从来没有见过这个尝试，首先这里面一 ...

谢谢解答~只建模一部分的话做分子动力学可以吗？是不是就不能模拟水环境而达到比较好的结果了呀？

lrf1980 · 发表于 2015-9-8 08:22:39

水环境是在做动力学配置前利用各种水分子模型添加上去，当然有结晶水时可以把结晶水也添加。不过你的例子中肯定没有结晶水。所以怎么建模不会影响动力学计算，需要重点考虑的是模型的准确性及动力学结果的分析及判断

kangsgo · 发表于 2015-9-8 16:20:28

本帖最后由 kangsgo 于 2015-9-8 16:21 编辑

lrf1980 发表于 2015-9-8 08:22
水环境是在做动力学配置前利用各种水分子模型添加上去，当然有结晶水时可以把结晶水也添加。不过你的例子中 ...

首先，再次感谢你的解答！添加水环境以后，做动力学模拟的时候蛋白的两端因为有水的相互作用不会导致两端蛋白偏离原本构象吗？因为它两端原本是有蛋白的，但是现在空出来了变成水了~

lrf1980 · 发表于 2015-9-8 19:51:24

kangsgo 发表于 2015-9-8 16:20
首先，再次感谢你的解答！添加水环境以后，做动力学模拟的时候蛋白的两端因为有水的相互作用不会导致两端 ...

首先还是需要考虑你做动力学的目的，如果你是想完全通过动力学来模拟最后蛋白质的结构，那么你这种担心肯定是有道理的。但是如果你用动力学来计算结合能，催化。那么我们需要知道你的口袋位置是否是在两端，或者两端的构象是否会影响到口袋或催化位点。如果会，那么肯定是不能做的，你需要重新考虑建模的方法，尽量把你要研究的口袋和位点远离两端，确保口袋或位点不会受这些情况的影响。另外，一般水的存在影响的较多是氢键，不会显著影响构象，反而是两端的构象，在建模的时候就预测不准，如果你用modeller建模，建一百个模型，基本上两端会有一百个构象

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