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lrf1980 · 发表于 2015-7-24 09:29:37

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本帖最后由 lrf1980 于 2015-7-24 09:36 编辑

MMPBSA_Analyze.sh

NOTE: 根据自己情况，将轨迹文件修改，../equil1.mdcrd 这个是需要分析的轨迹文件。我自己通常的做法是在跑完动力学后，存储轨迹文件的目录里再建一个子目录，然后将MMPBSA_Analyze.sh 和mmpbsa.in两个文件放在这个目录里，然后做MMPBSA分析，生成的结果直接保存在这个子目录里。如果只需要知道计算的frame的平均delta G，直接查看energy.pb.dat文件

#! /bin/bash

MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o energy.pb.dat -eo energy-pb.csv -do decomp-pb.csv -deo dec-energy-pb.csv  -sp ../com_wat.prmtop -cp ../com.prmtop -rp ../rec.prmtop -lp ../lig.prmtop -y ../equil1.mdcrd >log

mmpbsa.in

Input file for running PB
&general
startframe=1, endframe=100, interval=2,
verbose=2, keep_files=0,
/
&pb
  istrng=0.100, inp=2, fillratio=4, scale=2.0,
  linit=1000, prbrad=1.4, radiopt=1,
/
&decomp
  idecomp=2, dec_verbose=1,
/

1021130361 · 发表于 2016-3-28 16:29:13

你好，怎么看不到你的MMPBSA_Analyze.sh呀。

lrf1980 · 发表于 2016-4-4 21:45:27

1021130361 发表于 2016-3-28 16:29
你好，怎么看不到你的MMPBSA_Analyze.sh呀。

帖子里的就是啊。

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