同学建模的矛盾

puzhongji

一日，A同学用swiss-model同学建模，得到模型A。B同学用modeller同源建模，得到模型B,之后双方各执一词，都说自己的建模结果准确。请问你该如何解决他俩的矛盾？

lrf1980

两小儿辩日么？嘿嘿，蛋白质在真实情况下构象都不会是一种，所以谈不上那种模型更准确，严格意义上是需要结合自己的研究目的来下结论的。当然，如果某个模型有明显错误就另说

greatzdl

这个其实涉及到同源模建的精度基础，以及swiss-model和modeller两种软件在算法上的差异。
简单说，如果同源蛋白的分辨率足够高且同源性的identity够好，两种算法都能得到值得信赖的结果，且swiss-model处理起来很方便。如果上述条件稍差，则需要很多实验支持，繁杂的处理，这种情况下，modeller更能胜任。
如果本身同源性很差，identity很低，那么需要更多的技巧去模建，尽量去多考虑些实验方面的结果，综合建模，然后评价。这时候，无论那种软件，可能都会产生让人迷惑的结果。