Pymol中显示手性原子构型出错，求助，谢谢

Ryan · 发表于 2015-5-7 09:43:00

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Linux版本，想在pymol中选中手性原子标记R/S构型，label stereochemistry时显示不出来，报错：InitializeMMLibs() Error:mmct_initialize() failed ok=-4
ObjectMoleculeUpdateMMStereoInfoForState: can't initialize mmlibs

川大-灰太狼 · 发表于 2015-5-8 15:50:10

pymol中可以标记R/S吗？我没有见过你说的这个命令呢，是否是需要什么插件？

Ryan · 发表于 2015-5-11 16:52:27

本帖最后由 Ryan 于 2015-5-11 16:56 编辑

川大-灰太狼发表于 2015-5-8 15:50
pymol中可以标记R/S吗？我没有见过你说的这个命令呢，是否是需要什么插件？ ...

可以标记的，命令应该是label sele, stereo
现在就是这出问题，不知道怎么回事，不知道这个mmlibs有什么关系，提示InitializeMMLibs() Error

川大-灰太狼 · 发表于 2015-5-11 23:54:41

Ryan 发表于 2015-5-11 16:52
可以标记的，命令应该是label sele, stereo
现在就是这出问题，不知道怎么回事，不知道这个mmlibs有什么关 ...

嗯，有多学习到了一个技巧：）可以看看这个。

PYMOL STEREOCHEMISTRY
   PyMOL can label chiral centers; however, due to the recursive and dependent nature of the determination, PyMOL will refuse to label structures with alternate coordinates.
   To determine stereochemistry for a structure that has alternate coordinates, you either need to clear the alternate coordinates field in the target object using:                alter objName, alt=''
   or you need to create a new object from the old object selecting just one set of coordinates per atom.  For example, to create a new object called 'newObj' from 'oldObj' using the only those
   atoms with no alternate coordinates or those atoms with an alternate coordinate label 'A' one types:
            create newObj, oldObj and alt ''+alt 'A'
   Similarly, to create an object from just alternate coordinates 'G' one types:
            create newObj, oldObj and alt 'G'
   PyMOL labels chiral centers using the IUPAC symbols 'R' for rectus, 'S' for sinister, 'r' for pseudoasymmetric rectus and 's' for pseudoasymmetric sinister.

Ryan · 发表于 2015-5-12 09:46:43

川大-灰太狼发表于 2015-5-11 23:54
嗯，有多学习到了一个技巧：）可以看看这个。

谢谢，这个我之前试过，一开始我也以为是alternative coordinates造成的，但是还是不行，报错同样还是mmlibs

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