求助分子对接结果分析的时候选择能量低的还是聚类多的？

yangsulation · 发表于 2015-5-5 08:48:23

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求助：如题

海洋 · 发表于 2015-5-10 13:25:30

最好两个都考虑一下，我有时候还会和已有晶体复合物做一下对比！

zhouyuewolf · 发表于 2016-3-1 20:35:23

这个问题我遇到过：我认为需要考虑结果分布是否过于散，其次，每个聚类结果的个数以及同一类里面的能量值相差是否太大。综合考虑是否需要调节参数。使之稳定在一定的能量范围内

zhouyuewolf · 发表于 2016-3-1 20:37:01

此外，出现这种冒尖的构象，有2种可能：其一，是冒尖的构象不合理，其二冒尖的构象合理，由于对接位点选取的不合适，仅少数较好的构象被搜索出来。

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[AutoDock&Vina] 求助分子对接结果分析的时候选择能量低的还是聚类多的？