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[Gromacs] GMX能实现thr-金属酶和苯硼酸共价结合的体系吗

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发表于 2015-4-16 23:26:44 | 显示全部楼层 |阅读模式

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如题,我最近用GMX  MD 发现它原带的力场里面都没有B的信息,查了文献发现还未见过GMX模拟苯硼酸的报到,也不知道怎么获取它的.itp,希望大家能给点建议和帮助
 楼主| 发表于 2015-4-16 23:34:59 | 显示全部楼层
最近我还尝试了用amber 发现它也不识别苯硼酸,
发表于 2015-4-17 00:19:09 | 显示全部楼层
amber可以生成这些参数,不过要依靠在线服务器
 楼主| 发表于 2015-4-20 16:42:15 | 显示全部楼层
在线服务器也不行,估计要用量子化学软件去计算吧  但是不懂
发表于 2015-9-7 13:25:32 | 显示全部楼层
你好,请问gromacs能直接模拟金属蛋白吗?
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