LeDock对接后配体构象的拆分

sunnyboyluan · 发表于 2014-11-27 11:41:58

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我用LeDocK对接完毕后，将对接结果用Discovery Studio打开每次都是配体多种构象叠合在一起没法查看每一种构象与受体的结合请问各位高人如何拆分。还有就是我得到的*.dok文件可以用什么软件打开谢谢！！

fireflying · 发表于 2014-11-27 15:56:52

本帖最后由 fireflying 于 2014-11-27 15:58 编辑

*dok文件可以用pymol直接打开，这样你可以查看每一种构象与配体的结合。

在Linux以及苹果OSX系统下，Ledock的命令行版本自身提供构象拆分的功能（Ledock -spli *.dok），不过在Windows的图形界面下没有这个功能。*dok文件是PDB格式的文本文件，可以用记事本打开，然后手动的选择保留还是删除某些构象，或者把构象复制粘贴到新的文本文件里面，然后再用其它软件打开即可。

sunnyboyluan · 发表于 2014-11-28 07:42:12

fireflying 发表于 2014-11-27 15:56
*dok文件可以用pymol直接打开，这样你可以查看每一种构象与配体的结合。

在Linux以及苹果OSX系统下，Ledoc ...

多谢指点

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