含有ATP分子的蛋白质可以MD吗

hongyibaixue · 发表于 2014-10-29 21:00:31

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请问谁做过含有ATP分子的蛋白质动力学模拟？该用哪个力场？我试了一下43a1，第一步就出错，不识别。提示为“Fatal error:
Residue 'UNK' not found in residue topology database”

临江仙 · 发表于 2014-10-29 21:05:04

临江仙 · 发表于 2014-10-29 21:05:42

UNK应该是配体吧，配体的top准备了嘛，不准备当然跑不了

hongyibaixue · 发表于 2014-10-29 21:07:56

临江仙发表于 2014-10-29 21:05
UNK应该是配体吧，配体的top准备了嘛，不准备当然跑不了

配体的Top怎么定义？是自己写脚本？还是？上次的配体是Zn，直接就可以跑的

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-10-29 21:09:22

hongyibaixue 发表于 2014-10-29 21:07
配体的Top怎么定义？是自己写脚本？还是？上次的配体是Zn，直接就可以跑的 ...

ZN离子力场可以直接识别，他这个是配体，力场不能识别。需要自己准备

hongyibaixue · 发表于 2014-10-29 21:11:07

不经意间的呐喊发表于 2014-10-29 21:09
ZN离子力场可以直接识别，他这个是配体，力场不能识别。需要自己准备

恩，我在itp文件里面也看到了Zn是定义好的。那我现在应该怎么自己准备配体的top？

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-10-29 21:13:34

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-10-29 21:14:34

hongyibaixue 发表于 2014-10-29 21:11
恩，我在itp文件里面也看到了Zn是定义好的。那我现在应该怎么自己准备配体的top？ ...

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