同源建模成功后蛋白的氨基酸数变少了？

hongyibaixue · 发表于 2014-9-24 19:24:45

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我的蛋白和3bh1_A这个蛋白的同源性达到了52%，3bh1这个蛋白是个四聚体蛋白质（包括3bh1_A、3bh1_B、3bh1_C、3bh1_D四个序列和结构完全相同的部分，3bh1_A只是其中一个），我的第一个问题就是，我该用3bh1为模型建模呢？还是该以3bh1_A为模型来建模？我用3bh1_A作为模板建模之后得到的最优结构的氨基酸总数为485个（而实际上我的蛋白质总氨基酸数应该是494个），那么我想问，氨基酸数目改变了，是正常现象吗？这个结果能用吗、可信吗？

我用3bh1作为模板建模之后得到的最优结构的氨基酸总数为494个（和我的蛋白的实际氨基酸数是一样的），但是我的蛋白和3bh1的同源性才27%呀。我想问到底应该以哪个为模板？

iovvoi · 发表于 2014-9-25 12:15:31

用E值最小的模板

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