YASARA杂合多聚体建模，个人使用心得！

zhangmao511 · 发表于 2014-8-27 15:51:57

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这几天，在大工-阿里巴巴的帮助下，试用了一下YASARA的杂合多聚体建模的功能，跑完之后，拿到结果看了一下，结果非常不错。和我之前查文献报道的一样。我做的是2个蛋白组成的二聚体，我想把二聚体中单体与单体之间结合区域的某些氨基酸突变，再进行分子模拟，看突变前后二聚体里单体之间结合的差异程度。所以，同源建模和分子对接就很重要了，之前用了不少分子对接软件，结合部位效果都不好。所以，就考虑直接进行多聚体建模，可是多聚体建模的工具很少。在大工-阿里巴巴的帮助下，用了下 YASARA，感觉建模的结果很好，因为我比较关注2个蛋白的结合区域是否是和文献报道吻合的。而看了 YASARA杂合多聚体建模的结果后，确实和文献提到的结合区域吻合，让我很是惊喜。。。
感觉 YASARA杂合多聚体建模，不仅能进行多聚体的建模，而且得出的模型氨基酸都非常全，一个不漏。。如果有合适的多聚体模板的话，还省去了分子对接的步骤。
下面是用YASARA杂合多聚体建模的结果图：

临江仙 · 发表于 2014-8-27 20:19:30

哈哈，yasara的性价比还是不错的，特别是MD和模键版块

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