GROMACS 中 g_mmpbsa 工具使用详解

light

请问大神：
1.计算non-polar solvation energy
   SASA model
   SAV model
   WCA model
   这三种方法的区别？

2.用MmPbSaStat.py计算average binding energy时
   bootstrap analysis
   direct method
   这两种算法的区别？

暗地纯白

楼主你好，小弟是gromacs初学者，在使用g_mmpbsa计算结合自由能时出现了下面的问题，想向你请教：1、我的蛋白是个复合物（由3条链组成，A链是抗原，H链与L链是一个2聚体），现在我想看看A链与H链之间的结合能，行吗？ 2、我在运行在使用mmpbsa分析的时候（附件1）出现这个错误（附件2），该如何解决？3、之后发现ndex.ndx 是通过（附件3）得到，运行这里（附件4）改输入什么或者是选择什 么？ 4、假若我前面2、3个问题的做法是错误的，那么第1个问题，该如何解决，谢谢。

附件：

solo7773

暗地纯白 发表于 2015-1-5 00:02
附件：

1. 能断，但是我不知道这么是否合理。2. 缺少residuetypes.dat文件。3. 选择你需要计算哪两个group之间的能量。4. 2、3应该不存在错误

solo7773

light 发表于 2014-12-1 14:51
请问大神：
1.计算non-polar solvation energy
   SASA model

作者在出版的文章中有讲

louis_wuyang

赞一个，好东西啊

ZSF

solo7773 发表于 2014-8-14 11:19
你好，迟复为歉。你的这个问题，确实也困扰着我。我测试了用amber算和g_mmpbsa来算的差别，比如amber算出 ...

楼上正解！！amber中的能量单位是kcal/mol；gromcas的能量单位是kj/mol；1kcal/mol=4.18kj/mol。另外这两个软件的长度单位，有的地方是Å，有的地方是nm，也要注意；1Å=0.1nm。