生物分子模拟论坛
标题: AutoDock第二版电子教程更新活动，欢迎大家踊跃报名参加！ [打印本页]
作者: 川大-灰太狼 时间: 2012-12-31 15:12
标题: AutoDock第二版电子教程更新活动，欢迎大家踊跃报名参加！
Bioms论坛精电子教程活动2--Autodock 电子教程第二版更新
第二版目的：第二版将在翻译的官方教程第一版的基础上增加AD对接实例、AD学习中遇到的问题与解决。此活动将加强相关人员对于该软件从原理到应用上的认识。也将帮助更多的初学者使用AD！
进行方式：
1. 收集AD分子对接中遇到的问题和解决方案：
如果有未得到解决的，我们将组织大家一起攻关！
2. 贡献或者编写自己使用AD的实例：
我们将收集不同领域对AD应用的实例，欢迎各领域的朋友参与！
3. 奖励制度：参与翻译的人员每人提供100金的奖励，贡献值+1。本论坛会将所有的教程翻译最终版做成PDF,并将参与者按贡献署名。原创教程后期如有商业获利，将由各参与者按照贡献获得对应的奖励。
4. 注意事项：下载教程的会员请务必尊重原创者的劳动，转载请与论坛管理员联系，获得授权后可以转载。版权归属于论坛本身与各位参与者，不得用于各种商业用途！
作者: dejunchem 时间: 2012-12-31 15:18
哈哈，我先报个名，我不知道能不能帮上什么忙啊？
作者: 川大-灰太狼 时间: 2012-12-31 15:21
dejunchem 发表于 2012-12-31 15:18
哈哈，我先报个名，我不知道能不能帮上什么忙啊？
OK 肯定可以的呀，比如药物对接方面，哈哈！ 呵呵 1人了 ！继续报名............
作者: 大工-阿里巴巴 时间: 2012-12-31 15:25
我也来报名了！哈哈，求收留！
作者: 川大-灰太狼 时间: 2012-12-31 15:28
大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-31 15:25
我也来报名了！哈哈，求收留！
呵呵 环境方面的对接1-3例就有了！
作者: 小草 时间: 2012-12-31 15:58
冒泡。。。
作者: xufund 时间: 2012-12-31 22:35
新手来支持！
作者: black 时间: 2013-1-7 21:59
dejunchem 发表于 2012-12-31 15:18
哈哈，我先报个名，我不知道能不能帮上什么忙啊？
小丁童鞋啥时候开始做计算了？
作者: dejunchem 时间: 2013-1-8 08:04
black 发表于 2013-1-7 21:59
小丁童鞋啥时候开始做计算了？
哈哈，你是？
这么吓人啊~~~
作者: zhoumin 时间: 2013-2-17 08:56
我报名参加，兄弟带我一个啊
作者: 川大-灰太狼 时间: 2013-2-20 12:28
zhoumin 发表于 2013-2-17 08:56
我报名参加，兄弟带我一个啊
呵呵 欢迎加入！等筹备好后就联系你：）
作者: sudaywch59 时间: 2013-2-20 14:21
准备学习AD,来冒个泡,谢谢群里热心的朋友!
作者: 川大-灰太狼 时间: 2013-2-21 13:37
sudaywch59 发表于 2013-2-20 14:21
准备学习AD,来冒个泡,谢谢群里热心的朋友!
呵呵欢迎，有什么心得，无论大小都可以在这里和大家讨论和分享，相互帮助共同进步！
作者: victory_liu 时间: 2013-8-26 15:47
本帖最后由 victory_liu 于 2013-8-26 16:41 编辑
我只能提个问，
配体和受体文件准备及注意事项，加何种氢，何种电荷
autodock4.X，3.x以及vina各个版本的区别
作者: 川大-灰太狼 时间: 2013-8-27 08:59
victory_liu 发表于 2013-8-26 15:47
我只能提个问，
配体和受体文件准备及注意事项，加何种氢，何种电荷
autodock4.X，3.x以及vina各个版本 ...
1、加氢。从AD的教程来看，应该是首先加全氢，再添加电荷，最后合并非极性氢，留下的只是极性氢。
2、电荷。MGLTools工具里面的电荷都可以，根据你的具体体系选择。
3、AD4 和AD3 在遗传算法上有不同，AD4采用了拉马克遗传算法，AD3是一般的遗传算法，二者都用于单个精确的分子对接；而vina则是简化版的AD4，为了减少虚拟筛选的时间，用于大批量的分子对接型的虚拟筛选。
作者: victory_liu 时间: 2013-8-27 09:43
川大-灰太狼 发表于 2013-8-27 08:59
1、加氢。从AD的教程来看，应该是首先加全氢，再添加电荷，最后合并非极性氢，留下的只是极性氢。
2、电 ...
谢谢斑竹的回复
对我这样的初学者还有以下的疑问，若有时间，能否帮忙解答
配体：加全氢保存PDBQT文件时，会自动合并非极性氢并加Gasteiger电荷，这里是否真的自动加上了G电荷，如何知道呢？若手动加edit--charge-compute Gasteiger是这样操作么？可否加极性氢，然后加kollman电荷呢？为什么？
受体：有两种做法1）加全氢后，保存PDBQT文件时，同样自动加Gasteiger电荷（怎样知道是否已加上电荷，手动加的话，是不是edit--charge-compute Gasteiger，这样操作，如何知道加上了电荷）；2）加极性氢，加kollman电荷，看《蛋白质结构预测》上说，Gasteiger电荷只能用于加全氢的对象。这里有两个问题，G电荷和K电荷的区别是什么？如果用3.0，4.0，4.2版本的autodock对接，分别加哪种电荷比较合适？
作者: javacfish 时间: 2013-9-1 21:15
先报个名参加一下：
http://bioms.org/thread-771-1-1.html
这是我写的一个帖子，我组建的这个网格还可以做autodock的筛选。
加油！
谢谢！
作者: 川大-灰太狼 时间: 2013-9-2 08:43
javacfish 发表于 2013-9-1 21:15
先报个名参加一下：
http://bioms.org/thread-771-1-1.html
这是我写的一个帖子，我组建的这个网格还可以做 ...
久仰大名！呵呵，非常感谢你的支持与参与。
作者: 徐晓亮12134 时间: 2014-7-19 10:50
新手支持
作者: fuxufeng100 时间: 2015-3-28 12:23
我想做蛋白---蛋白对接，但是现在在参数设置上有问题，恳请大家能给几个实例做参考，多谢大家了
作者: 川大-灰太狼 时间: 2015-3-28 21:34
autodock做不了蛋白-蛋白对接，可以使用其他软件。
作者: articom 时间: 2016-1-22 12:15
本帖最后由 articom 于 2016-1-22 12:17 编辑
不知道翻译第三版不？
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