璐璐 发表于 2013-12-24 10:49:56

关于分子动力学结果Cross-correlation analysis的问题

蛋白质或酶的残基相关性分析用的什么软件啊?
比如这个公式:
Thecross-correlationmatrix,Cij,whichreflectsthefluctuationsinthe coordinates of the C  atoms relative to their average positions.
所做的图形如下:

amber中有分析相关性的,我用matrix correl 分析,然后用gnuplot拟合得到的数据,amber自带的相关性分析得到的数据范围为0~1,公式不是图中所示,怎么才能用这个公式分析呢,还是有其他专门的软件或程序啊?

璐璐 发表于 2014-9-18 16:07:34

心如止水-工大 发表于 2014-9-18 10:27
阿里兄,DCCM怎么得到的?看manual命令看不懂啊,我是在amber下模拟得到的轨迹,命令是什么呢? ...

命令为:
trajin prod.mdcrd   #轨迹文件
reference initial.pdb#参考pdb
rms reference @CA   
matrix correl name dccm3 @CA out dccm3.dat
我是这样算的

ljy3278 发表于 2016-6-14 16:16:16

whl2dxl 发表于 2014-4-21 08:34
阿里师兄,写了一个小程序,初步的想法是把gromacs中g_covar 生成的 covar.dat文件转换成DCCM的矩阵表示 ...

您好,我最近想根据得到的GMX covar.dat来计算DCCM,看到您之前的代码,但是运行之后,out.dat里面为空,什么都没有。
请问您有这个代码的最新版本吗?谢谢!

璐璐 发表于 2016-5-27 16:20:34

背包旅客 发表于 2016-4-13 21:39
楼主,我想请教一下,您用这个命令能做出图中的负相关图咩??我也想做这样的图!可是用GROMACS做出的负 ...

体系不同,相关作用也是不同的,我用的软件是amber,命令是amber中的命令,没用gromacs做过这样的图呀。origin可以调节颜色的啊,你可以调整下

大工-阿里巴巴 发表于 2013-12-28 10:50:25

其它不敢说。。这个图应该是用origin做出来的。。。

璐璐 发表于 2013-12-29 10:04:31

这origin也可以!功能好强大,过两天再好好看看amber

大工-阿里巴巴 发表于 2013-12-29 10:45:16

璐璐 发表于 2013-12-29 10:04 static/image/common/back.gif
这origin也可以!功能好强大,过两天再好好看看amber
我前两天用YASARA做的Cross-correlation analysis,结果生成的矩阵就是origin做的图,和这个很类似~哈哈

璐璐 发表于 2013-12-30 15:19:58

嗯,是滴,我也用origin做出来了这个图,之前还在网上查的说用gnuplot,那个好麻烦,现在就剩amber命令的问题了,谢谢阿里师兄:lol

fenzimoni 发表于 2014-1-5 12:08:54

大工-阿里巴巴 发表于 2013-12-29 10:45 static/image/common/back.gif
我前两天用YASARA做的Cross-correlation analysis,结果生成的矩阵就是origin做的图,和这个很类似~哈哈

...

阿里兄,请问origin怎么做这种图的??

大工-阿里巴巴 发表于 2014-1-5 12:12:10

fenzimoni 发表于 2014-1-5 12:08 static/image/common/back.gif
阿里兄,请问origin怎么做这种图的??

新建matrix,就是建立一个矩阵,然后把AMBER或者跟GMX或者YASARA得到的DCCM的结果复制进去,就可以啦

fenzimoni 发表于 2014-1-6 09:28:48

大工-阿里巴巴 发表于 2014-1-5 12:12 static/image/common/back.gif
新建matrix,就是建立一个矩阵,然后把AMBER或者跟GMX或者YASARA得到的DCCM的结果复制进去,就可以啦 ...

再问一下,DCCM指的是什么?cross-correlation??

大工-阿里巴巴 发表于 2014-1-6 10:41:25

fenzimoni 发表于 2014-1-6 09:28 static/image/common/back.gif
再问一下,DCCM指的是什么?cross-correlation??

Dynamic Cross Correlation Map

fenzimoni 发表于 2014-1-6 15:07:06

大工-阿里巴巴 发表于 2014-1-6 10:41 static/image/common/back.gif
Dynamic Cross Correlation Map

非常感谢!!:handshake
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