关于分子动力学结果Cross-correlation analysis的问题
蛋白质或酶的残基相关性分析用的什么软件啊？比如这个公式：
Thecross-correlationmatrix,Cij,whichreflectsthefluctuationsinthe coordinates of the C atoms relative to their average positions.
所做的图形如下：
amber中有分析相关性的，我用matrix correl 分析，然后用gnuplot拟合得到的数据，amber自带的相关性分析得到的数据范围为0~1，公式不是图中所示，怎么才能用这个公式分析呢，还是有其他专门的软件或程序啊？
心如止水-工大 发表于 2014-9-18 10:27
阿里兄，DCCM怎么得到的？看manual命令看不懂啊，我是在amber下模拟得到的轨迹，命令是什么呢？ ...
命令为：
trajin prod.mdcrd #轨迹文件
reference initial.pdb#参考pdb
rms reference @CA
matrix correl name dccm3 @CA out dccm3.dat
我是这样算的 whl2dxl 发表于 2014-4-21 08:34
阿里师兄，写了一个小程序，初步的想法是把gromacs中g_covar 生成的 covar.dat文件转换成DCCM的矩阵表示 ...
您好,我最近想根据得到的GMX covar.dat来计算DCCM，看到您之前的代码，但是运行之后，out.dat里面为空，什么都没有。
请问您有这个代码的最新版本吗？谢谢！ 背包旅客 发表于 2016-4-13 21:39
楼主，我想请教一下，您用这个命令能做出图中的负相关图咩？？我也想做这样的图！可是用GROMACS做出的负 ...
体系不同，相关作用也是不同的，我用的软件是amber，命令是amber中的命令，没用gromacs做过这样的图呀。origin可以调节颜色的啊，你可以调整下 其它不敢说。。这个图应该是用origin做出来的。。。 这origin也可以！功能好强大，过两天再好好看看amber 璐璐 发表于 2013-12-29 10:04 static/image/common/back.gif
这origin也可以！功能好强大，过两天再好好看看amber
我前两天用YASARA做的Cross-correlation analysis,结果生成的矩阵就是origin做的图，和这个很类似~哈哈
嗯，是滴，我也用origin做出来了这个图，之前还在网上查的说用gnuplot，那个好麻烦，现在就剩amber命令的问题了，谢谢阿里师兄:lol 大工-阿里巴巴 发表于 2013-12-29 10:45 static/image/common/back.gif
我前两天用YASARA做的Cross-correlation analysis,结果生成的矩阵就是origin做的图，和这个很类似~哈哈
...
阿里兄，请问origin怎么做这种图的？？ fenzimoni 发表于 2014-1-5 12:08 static/image/common/back.gif
阿里兄，请问origin怎么做这种图的？？
新建matrix，就是建立一个矩阵，然后把AMBER或者跟GMX或者YASARA得到的DCCM的结果复制进去，就可以啦 大工-阿里巴巴 发表于 2014-1-5 12:12 static/image/common/back.gif
新建matrix，就是建立一个矩阵，然后把AMBER或者跟GMX或者YASARA得到的DCCM的结果复制进去，就可以啦 ...
再问一下，DCCM指的是什么？cross-correlation？？ fenzimoni 发表于 2014-1-6 09:28 static/image/common/back.gif
再问一下，DCCM指的是什么？cross-correlation？？
Dynamic Cross Correlation Map 大工-阿里巴巴 发表于 2014-1-6 10:41 static/image/common/back.gif
Dynamic Cross Correlation Map
非常感谢！！:handshake