开心果 发表于 2013-12-23 10:43:02

gromacs 使用中遇到问题

大家好 我刚刚学习gromacs还不知道怎样使用我是按照教程一步一步做的已经做到了这一步genbox -cp fws.pdb -cs spc216.gro -fws.gro -p fws.top但是由于上面有一步pdb2更明显-ignh -f 1OMB.pdb -o fws.pdb -p fws.top 已经有了-p fws.top那我genbox 这一步还是要-p fws.top吗 还是要重新给它改以名字    我是按照教程来的 所以输入的还是-p fws.top 但是得到的结果是这样的\1OMB.pdbbox.grofws.groposre.itpsol.grotopol.top#topol.top.1#出现了一个#topol.top.1#，因为我如果继续下一步就是
grompp -f em.mdp -c fws_b4em.pdb -p fws.top -o fws_em.tpr了 这里也要输入 -p fws.top 所以我上一步出现的 #topol.top.1#会对我以下所进行的一步有影响    由于初次使用gromacs 真的是不太懂希望了解的人 谅解并为我这个菜鸟指导一下方向
实在是弄不懂了 着实非常感谢能给予我帮助的大虾们！

海洋 发表于 2013-12-23 11:07:16

没有影响的~~#topol.top.1#只是被覆盖的文件，建议名字就用topol.top，不知道你的GMX是什么版本的，为什么top文件名称都是按照默认的格式topol.top呢？

枫叶苏 发表于 2013-12-23 12:08:56

你如果从一开始就是fws.top,后面的你都要用这个名字，这样就可以正确的覆盖上面的top。

开心果 发表于 2013-12-23 21:24:56

枫叶苏 发表于 2013-12-23 12:08 static/image/common/back.gif
你如果从一开始就是fws.top,后面的你都要用这个名字，这样就可以正确的覆盖上面的top。 ...

嗯:) 谢谢帮助
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