vmd答疑贴

eming 发表于 2013-12-18 22:38:30

受阿里pymol答疑贴的激发，现论坛同时开辟vmd答疑贴，chimera答疑贴，与各位同学共同进步，希望管理员及各位版主鼎力相助，在此拜谢！

川大-灰太狼 发表于 2013-12-19 11:30:17

呵呵全力支持飞天兄呀！

jianchen7882 发表于 2014-3-15 17:18:13

支持！！！！！！！！！！！！！！！！！！

Warlock.Y 发表于 2015-5-9 09:22:19

{:soso_e130:}

shellin 发表于 2015-5-16 11:31:18

飞天师兄，我用amber做pca，得出了第一个主成分的mode，文件格式是这样的
Analysis of modes: DISPLACEMENT
Atom no. displX displY displZ
      1 -0.029 -0.088    0.325
      2 -0.042 -0.123    0.252
      3 -0.102 -0.133    0.119
      4 -0.120 -0.157    0.025
      5 -0.108 -0.126 -0.036
      6 -0.051 -0.039    0.016
      7 -0.048 -0.043    0.026
      8 -0.061 -0.035 -0.015
      9 -0.023 -0.003 -0.052
   10    0.021    0.012    0.001
   .......
对应了每个残基的CA，请问怎样才能做成蛋白骨架上带有运动方向的箭头图呢。我看之前是用IED，但是IED一般在linux上且用python编译的VMD上使用，我现在用的windows。然后最新的1.9.2的VMD出了一个NMW插件，但是这个插件好像没有说可以用amber生成的结果，应该怎么做呢

eming 发表于 2015-5-18 21:31:07

shellin 发表于 2015-5-16 11:31
飞天师兄，我用amber做pca，得出了第一个主成分的mode，文件格式是这样的
Analysis of modes: DISPLACEMENT ...

我不知道你这个Displacement是啥。我猜大概是从主链alpha碳原子的坐标出发，沿着下面你给出的向量，画一个cone就可以了。

shellin 发表于 2015-7-5 17:47:02

eming 发表于 2015-5-18 21:31
我不知道你这个Displacement是啥。我猜大概是从主链alpha碳原子的坐标出发，沿着下面你给出的向量，画一 ...

现在才看到，谢谢师兄

shellin 发表于 2015-8-30 11:49:33

师兄我又来了~vmd里有measure angle的命令来测量3个atoms 之间的夹角。于是我用下面的脚本来计算。
for { set j $fidBEG } { $j < $fidNED } { incr j } {
   mol addfile ../../5prod/cenprod$j.mdcrd type crdbox first 0 last 100 step 1 waitfor all
}

proc print_angle_through_time {} {
   global sysid
   set outfile
   set num_steps
      for {set frame 0} {$frame < $num_steps} {incr frame} {
            set pro
            $pro frame $frame
            set t2

            puts $outfile "$frame $t2"
   }
}

print_angle_through_time

一般每次导入5ns500个snapshot，一起导入这500个snapshot计算出来的结果全是一样的。每次导入2ns 200个snapshot的时候，这200个又是一样的。是脚本的哪里出现错误了吗

wuxiczy 发表于 2016-3-16 10:34:29

师兄请问想分析对接结果看看配体和周围氨基酸的作用用vmd怎么分析呀

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