呵呵Sun 发表于 2013-12-16 11:14:48

含金属配位键的结合能计算

我用来做动力学模拟的蛋白有一个Fe3+，它与配体小分子之间形成配位键。现在我要用MMPBSA计算小分子与蛋白的结合能，我想问问论坛里有没有人有这方面的经验，结合能的数值大概是多少？我算出来是-40 kcal/mol左右。我做过其它小分子的对接，没有配位键只通过氢键和其它非键相互作用，比较不错的大概在-10 kcal/mol吧，所以这个-40我有些拿不准。

墨竹晓风 发表于 2013-12-16 13:28:34

-40kcal/mol,这个数值倒是正常的..但是金属配位键的计算你是通过什么计算的呢?

呵呵Sun 发表于 2013-12-16 14:17:05

本帖最后由 墨竹晓风 于 2013-12-17 11:27 编辑

墨竹晓风 发表于 2013-12-16 13:28 static/image/common/back.gif
-40kcal/mol,这个数值倒是正常的..但是金属配位键的计算你是通过什么计算的呢? ...
参考了一篇文献，那篇文章在金属离子Zn2+周围加了四个dummy原子，这四个dummy原子各带0.5电荷，分担了Zn离子的电荷，把配位键转化成静电相互作用处理

哦,这样处理也有一定道理. 文章的IF怎么样?

不经意间的呐喊 发表于 2013-12-16 21:19:31

呵呵Sun 发表于 2013-12-16 14:17 static/image/common/back.gif
参考了一篇文献，那篇文章在金属离子Zn2+周围加了四个dummy原子，这四个dummy原子各带0.5电荷，分担了Zn ...

能把 文献发给我看看吗？谢谢。

呵呵Sun 发表于 2013-12-17 10:54:50

不经意间的呐喊 发表于 2013-12-16 21:19 static/image/common/back.gif
能把 文献发给我看看吗？谢谢。

给我留个邮箱？发给你

川大-灰太狼 发表于 2013-12-17 15:02:25

呵呵Sun 发表于 2013-12-17 10:54 static/image/common/back.gif
给我留个邮箱？发给你

可以站内短信哈：）

呵呵Sun 发表于 2013-12-17 18:17:55

不经意间的呐喊 发表于 2013-12-16 21:19 static/image/common/back.gif
能把 文献发给我看看吗？谢谢。



10.1007_s008940050119.pdf(105.01KB)
试试能下载不

呵呵Sun 发表于 2013-12-17 18:18:45

川大-灰太狼 发表于 2013-12-17 15:02 static/image/common/back.gif
可以站内短信哈：）

智商捉急没找到，不过问题不大:)
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