forpal 发表于 2013-12-6 14:07:09

做共价对接用什么比较靠谱

我试过用CovalentDock做，因为是提交给服务器所以有时想改改参数也很麻烦，最主要的是它只能做两种类型的共价对接：1.Cys-SH+Michael受体；2.Ser-OH+β-lactam。因此适用范围太窄。另外，Gold和AutoDock自带的据说效果不太好。请问有没有更好的软件呢？

川大-灰太狼 发表于 2013-12-6 14:27:39

FlexX，GOLD 和Glide的共价键对接都不错！

forpal 发表于 2013-12-6 16:06:14

川大-灰太狼 发表于 2013-12-6 14:27 static/image/common/back.gif
GOLD 和Glide的共价键对接都不错！
狼哥，我实在找不到FlexX，GOLD和Glide的linux版本啊，您那里有吗？方便传我吗？我的是ubuntu64位的.

川大-灰太狼 发表于 2013-12-6 19:01:19

forpal 发表于 2013-12-6 16:06 static/image/common/back.gif
狼哥，我实在找不到GOLD和Glide的linux版本啊，您那里有吗？方便传我吗？我的是ubuntu64位的. ...
FlexX在LeadIT中有Linux版本，可以从官网直接下载www.biosolveit.de Linux版的，GOLD有win版本，glide是在schrodinger 软件里面：）
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