pdh1015 发表于 2013-12-6 07:57:49

AUTODOCK柔性残基设置疑惑

本帖最后由 pdh1015 于 2013-12-6 08:03 编辑

为什么我设置柔性残基后，有一部分在刚性文件里，另一部分在柔性文件里，如下图



这两部分都属于CYS25啊，这样合理吗？对对接计算有影响吗？下图为柔性残基设置GUI界面，不知道是不是因为有那么多***没连起来的原因
求大师们答疑解惑



还有就是，可旋转键只有5个，CA和CB之间的键可以不固定吧？

pdh1015 发表于 2013-12-6 08:37:57

还有个疑惑，同样的数据，为何run autodock 重跑时7410 pts这个值总是不一样


川大-灰太狼 发表于 2013-12-6 11:50:25

pdh1015 发表于 2013-12-6 08:37 static/image/common/back.gif
还有个疑惑，同样的数据，为何run autodock 重跑时7410 pts这个值总是不一样




7140 这个应该是你的cpu执行autodock的线程ID，每次跑线程数都会不一样。这个是正常的哈！

川大-灰太狼 发表于 2013-12-6 11:51:56

首先确定你选择的蛋白的残基是否完整。其次，蛋白柔性残基的处理其实就是像配体小分子的柔性那样处理的，一般默认的可旋转键是正确的。

南华-ET 发表于 2014-1-3 11:27:52

怎么确定柔性残基呢，柔性残基是否只有一个？

川大-灰太狼 发表于 2014-1-4 19:19:05

南华-ET 发表于 2014-1-3 11:27 static/image/common/back.gif
怎么确定柔性残基呢，柔性残基是否只有一个？

关于柔性残基的设置 请看这个帖子里面的操作 http://bioms.org/thread-1020-1-1.html
柔性残基不止一个！可以设置多个，但是可旋转键不能超过32个。

南华-ET 发表于 2014-1-4 20:14:03

川大-灰太狼 发表于 2014-1-4 19:19 static/image/common/back.gif
关于柔性残基的设置 请看这个帖子里面的操作 http://bioms.org/thread-1020-1-1.html
柔性残基不止一个！ ...

这个帖子的是刚性对接的。直接跳过的了柔性残基的设置。

川大-灰太狼 发表于 2014-1-4 22:46:33

南华-ET 发表于 2014-1-4 20:14 static/image/common/back.gif
这个帖子的是刚性对接的。直接跳过的了柔性残基的设置。

结合这个帖子里面的两个教程哈。你就知道柔性残基的设置了！
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