临江仙 发表于 2013-11-26 14:47:58

YASARA一键MD前蛋白预处理

    1,导入蛋白结构：File>Load> PDB File
    2,加氢优化：Edit>Add>Hydrogens to : object & optimize
    3,检查并添加缺失原子：Edit>clean>all
    4,设置溶剂盒子：Simulations>Define simulation cell
    5,保存sce文件：File>Save as>*.sce
    6,进入一键MD
    补充一下阿里师兄的一键MD，若有不当之处，欢迎指出哈~~~

川大-灰太狼 发表于 2013-11-26 15:39:47

2,加氢优化：Edit>Add>Hydrogens to : object & optimize
其实这步都已经包含在了 第3步里面，Edit>clean>all

你做了第3步，自动就加氢优化好了。

临江仙 发表于 2013-11-26 22:36:34

川大-灰太狼 发表于 2013-11-26 15:39 static/image/common/back.gif
2,加氢优化：Edit>Add>Hydrogens to : object & optimize
其实这步都已经包含在了 第3步里面，Edit>clean>a ...

:lol:lol:lol狼哥威武~~~

quxd 发表于 2017-12-8 18:39:00

在普通台式电脑，windows环境下，MD需要多少时间？
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