关于chimera来进行分子对接
以下步骤是参考了网上的教程，不过我不太明白，所以希望各位前辈能解惑！！1.ligand准备：打开从蛋白质数据库下载的pdb文件，如1ABE.pdb. Select —structure—ligand 选中受体。Select —invert(selected models) 反选除受体以外的物质。Action—atoms/bonds-- delete 只剩下配体。（到这一步之后直接保存为pdb格式吗？不需要加氢，加电荷吗？）2. receptor 准备：打开 1ABE.pdb文件。Select-- structure –ligandactions – atoms/bonds—delete 以同样的方式去水。(不是说对接要在水溶液中吗，为啥还要去水）tools—structure editing—dock prep 加氢加电荷，保存为mol2格式。（用vina对接，只能用pdb格式吗？那这个mol2是干嘛用的）删除受体中的所有的氢，并将重原子保存为pdb格式。3.对接tools--surface/binding analysis--autodock vina 然后设置输出文件，选择配体受体，选择ctrl button1
然后按住ctrl，画盒子。
1.（到这一步之后直接保存为pdb格式吗？不需要加氢，加电荷吗？）
这一步只是拆分蛋白质受体和小分子配体,并没有开始做准备
2.(不是说对接要在水溶液中吗，为啥还要去水）
绝大多数对接软件不能考虑水分子的，常规DOCK对接也不考虑水分子
（用vina对接，只能用pdb格式吗？那这个mol2是干嘛用的）
pdb,mol2都可以.软件能支持mol2格式的话，尽量用mol2
这么简化了？请问这样对接结果准确性如何？还有就是chimera 能调用vina 吗 墨竹晓风 发表于 2013-11-24 10:42 static/image/common/back.gif
1.（到这一步之后直接保存为pdb格式吗？不需要加氢，加电荷吗？）
这一步只是拆分蛋白质受体和小分子配体, ...
前辈，配体和受体对接之前各自都需要加氢加电荷吗？加的原因是什么？ xufund 发表于 2013-11-24 17:40 static/image/common/back.gif
这么简化了？请问这样对接结果准确性如何？还有就是chimera 能调用vina 吗
准确性我不清楚，能调用vina clarelee 发表于 2013-11-25 09:08 static/image/common/back.gif
前辈，配体和受体对接之前各自都需要加氢加电荷吗？加的原因是什么？
哦，看了下，你还是准备用autodock 或者 vina，那么还是不要用chimera来准备加H加电荷。会有原子不识别等等奇怪问题。建议还是用ADT来准备。 墨竹晓风 发表于 2013-11-25 10:52 static/image/common/back.gif
哦，看了下，你还是准备用autodock 或者 vina，那么还是不要用chimera来准备加H加电荷。会有原子不识别等 ...
用ADT准备的话，能给大家写过类似楼上的简单教程吗？ xufund 发表于 2013-11-25 22:18 static/image/common/back.gif
用ADT准备的话，能给大家写过类似楼上的简单教程吗？
网上很多，但是没有如此简单的过程。我一般用DOCK 我也想学dock。希望晓风兄介绍点经验，或者给个简单的教程。多谢
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