seagoing 发表于 2012-10-28 22:24:10

autodock处理过程中配体加氢问题

在autodock计算过程中，经常用讨论的问题是配体和大分子的键合作用。这键合作用主要讨论的就是氢键效应，而autodock处理后的结果文件中，配体往往是不加碳上氢的，这样必然导致在分析键合作用是存在很大的误差，该如何来解决给配体全部加氢问题呢？
再者大分子在处理过程中也容易出现加氢不合理的问题，这个问题又该如何处理是好呢？
敬请同仁们献计献策！

hinry_jay 发表于 2012-10-30 08:03:18

这个是可下载的“http://kinemage.biochem.duke.edu/software/reduce.php”，这个是在线的服务器“http://molprobity.biochem.duke.edu/”

seagoing 发表于 2012-10-28 22:28:50

初步解决的想法是，通过autodock找到活性键合空间后，将其对应部分全部找出来，再做细致化处理来重新加氢。当然这个办法也是挺麻烦的。

seagoing 发表于 2012-10-29 09:34:00

理论加氢往往是错误的，能手动加氢就好了。该如何实现呢？

hinry_jay 发表于 2012-10-29 22:08:31

不知道楼主说的哪方面的问题，如果是针对蛋白大分子的加氢，要特别注意“组氨酸”，adt自动加氢往往是不合理的。有两个方法：通过adt的edit菜单来解决，这个就不详述了。给大家介绍一个第三方软件，很好用，reduce，你可以下载，也可以直接把你的pdb上传，它会帮你加氢，分析蛋白结构的合理性，个人感觉很不错！

seagoing 发表于 2012-10-29 22:51:11

hinry_jay 发表于 2012-10-29 22:08 static/image/common/back.gif
不知道楼主说的哪方面的问题，如果是针对蛋白大分子的加氢，要特别注意“组氨酸”，adt自动加氢往往是不合 ...

这个软件从哪里下载，给个网址
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