大工大-Chemoinf 发表于 2012-10-28 20:52:41

药物设计的同志们学习一下R软件吧!

R开源,且功能强大,易学,有上千个packages可以直接使用。
如果您做定量构效关系(当然不限于这个),不妨试试R,它可以做线性回归,非线性回归,以及各种分类操作,机器学习,作图等等。

下载地址:
cran.r-project.org/

其实,我们完全可以使用R来代替excel,spss等软件来完成日常的统计工作,作为非统计专业的学生,极力推荐大伙玩一玩R软件!

中大-活性小肽 发表于 2012-10-28 23:07:43

这个还真的学习过一阵子……有时间再重新学习下吧

北京-构效 发表于 2012-10-29 08:46:41

第一次听说这个,有空的时候能够贴份介绍上来?

吉大-肽 发表于 2012-10-29 10:01:20

很好的软件,只不过还没有学呀

SYPHU_me 发表于 2012-10-29 21:38:44

用处一定挺大的,好学不?:)

大工大-Chemoinf 发表于 2012-10-30 10:06:47

SYPHU_me 发表于 2012-10-29 21:38 static/image/common/back.gif
用处一定挺大的,好学不?

好学,我一会上传一些教程!

skarl 发表于 2013-11-27 04:11:21

不知教程在哪?:'(

大工大-Chemoinf 发表于 2014-5-29 11:26:11

如果需要建立QSAR模型的话:1)计算分子描述符【数值型或者fingerprint】2)把描述符和活性联系起来。这里就需要使用R了,当然其他软件也可以。
R可以建立的模型很多:svm RFLR NN etc.太多了。
建立模型时候,还涉及:变量选择,模型检查,应用域的定义等等问题。
如果你的模型很好,可以用来做虚拟筛选,在结合receptor-based的筛选,可能对工作有些益处!

关于R的学习,你就看各个packages的manual就可以了,有的还有vignette。google:cran R。就出现了!:lol

大工大-Chemoinf 发表于 2014-5-29 11:28:11

教程:google搜索就好了。

比如:
http://manuals.bioinformatics.ucr.edu/home/chemminer
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