0703114邓 发表于 2013-11-6 16:27:04

gromacs小分子的itp文件中的电荷修改问题和高斯优化问题

我的小分子mol2格式，如图一所示：但用高斯优化后就变成如图二所示，c-n键发生了变化，请问大神这种问题怎么解决？其中我想用高斯优化后的电荷来代替在线生成的itp文件中的电荷，但化学键发生了变化，电荷应该有点问题，所以没办法往下进行了。还有一个问题是：高斯优化后的log文件中的电荷，要么是全氢，要么是没有氢，而在线生成的itp文件中的氢原子是部分氢，怎样才能实现对应的替换？关于电荷修改问题一篇文献中介绍过了，但没看太明白，想通过高斯进行解决，希望尽快得到大家的帮助，让实验尽快进行下去，非常感谢！
http://bcs.keyan.cc/emuchnet/2013/1105/w112h1499397_1383663759_585.jpg

http://bcs.keyan.cc/emuchnet/2013/1105/w106h1499397_1383663764_223.jpg

leos 发表于 2013-11-6 16:58:16

这个如果你在gaussian设置没有问题的话，应该没有问题，只是你贴图的技术太高了，你是故意两个反着放的么~~

0703114邓 发表于 2013-11-6 17:09:53

leos 发表于 2013-11-6 16:58 static/image/common/back.gif
这个如果你在gaussian设置没有问题的话，应该没有问题，只是你贴图的技术太高了，你是故意两个反着放的么~~ ...

呵呵，没注意，直接截图贴上去了，我只是用高斯优化一下得到比较准确的电荷，工作类型选择的是优化，method中选用DFT,B3LYP, basic set选择的是6-31G，电荷是零，单自旋，这样设置不对吗？

leos 发表于 2013-11-6 21:15:42

0703114邓 发表于 2013-11-6 17:09 static/image/common/back.gif
呵呵，没注意，直接截图贴上去了，我只是用高斯优化一下得到比较准确的电荷，工作类型选择的是优化，meth ...

应该没有问题~~
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