如何使用 AMBER parameter database 提供的参数
在该网页下http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber/，有一些分子的amber参数。例如，其中的NAD+ 下面的prep文件和 frcmod文件。当我下载后，得到nad.prep和nad.frcmod文件。将这两个文件调入tleap后，check的时候还是找不到参数，也不能生产prmtop文件和inpcrd文件，不知道怎么回事？请指教，谢谢！这个是基本操作：$ tleap -f leaprc.gaff
>loadamberparams nad.frcmod
>loadamberprep nad.prep
>list
NAD gaff
> check NAD
the information as follow :
could not find bond parameter for :CA- H4
......
could not find angle parameter: C- CA -CA
......
and then i use the command : saveamberparm NADnad.prmtop nad.inpcrd
the information as follow:
could not find type : CA
could not fine type :H4
......
parameter file was not saved. 本帖最后由 天理-小新 于 2013-11-2 17:14 编辑
问题自己摸索已经解决，谢谢大家！ 天理-小新 发表于 2013-11-2 17:09
问题自己摸索已经解决，谢谢大家！
求问怎么解决的。。。我现在也是总是用tleap时候，out文件里显示不能识别小分子，出现fatal
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