考拉猪 发表于 2013-10-28 21:29:32

环糊精与某药物的分子动力学模拟

大家好，本人最近才开始学习分子模拟，想问下，要做环糊精与药物的动力学模拟的话准备文件是什么格式啊，是跟蛋白与药物的模拟一样，pdb格式吗？
求高手指导！！！谢谢！！对于初学者有什么建议，也请各位多多指教！！

leos 发表于 2013-10-29 05:16:13

我没有做过环糊精的md，但是我想pdb格式应该是没有问题的

川大-灰太狼 发表于 2013-10-29 08:49:17

环糊精的分子动力学有很多中文论文里面都有，你可以查阅！准备最后都肯定要用pdb结构，环糊精pdb的结构可以从蛋白-环糊精晶体结构的pdb中提取。

墨竹晓风 发表于 2013-10-29 09:52:49

准备文件pdb即可。不同的动力学软件需要的输入文件不同，但是都可以通过pdb文件获得。在教程最前面应该会有说明。软件推荐Amber，Gromacs，NAMD。第一个价格3000rmb以内，后两者是免费的

考拉猪 发表于 2013-10-29 14:20:14

leos 发表于 2013-10-29 05:16 static/image/common/back.gif
我没有做过环糊精的md，但是我想pdb格式应该是没有问题的

哦，好的，谢谢:P

考拉猪 发表于 2013-10-29 14:20:42

川大-灰太狼 发表于 2013-10-29 08:49 static/image/common/back.gif
环糊精的分子动力学有很多中文论文里面都有，你可以查阅！准备最后都肯定要用pdb结构，环糊精pdb的结构可以 ...

恩，好的，谢谢:loveliness:

考拉猪 发表于 2013-10-29 14:21:11

墨竹晓风 发表于 2013-10-29 09:52 static/image/common/back.gif
准备文件pdb即可。不同的动力学软件需要的输入文件不同，但是都可以通过pdb文件获得。在教程最前面应该会有 ...

好的，谢谢:loveliness:
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